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信長以迅雷不及掩耳的行動救出了足利義昭，但獲救的只是義昭的生命與地位，並不包括他的權限與權力。正月十六日，信長強迫足利義昭制定了所謂的「室町幕府殿中掟」。雖然表面上整個規章是由足利義昭自己定的，但從「公事篇停止內奏之事」等即可看出，這根本就是信長為了限制將軍的權限所耍的花招。

流放在外的美濃舊主齋藤龍興、長井隼人佑等人也起而響應，另外攝津高槻的城主入江春景也參與了行動。這是甫誕生的織田政權所面臨的首次危機，也是與舊勢力長期抗戰的第一役。

在織田信長大軍的追擊下，暫時退回根據地阿波的三好三人眾，於永祿十二年正月初重返堺市，獲得堺市、尼崎等地居民的聲援攻入京都，正月五日將足利義昭圍困在本圀寺。整體來說，這是市民不滿矢錢的課徵和特權的喪失，遂以三好家為核心合力展開的反攻。

相對地，信長也決定要好好地整頓一下將軍的門面。同年二月，他宣佈要在京都興建一座豪華的將軍居城。不過，足利義昭可不是那種甘於住在寶殿中任人擺佈的傀儡，而首當其衝面對他的不滿與憤怒的，便是木下藤吉郎、小一郎兄弟。

此時織田家駐留在京都的兵力有限，鎮守本圀寺的明智光秀等人立即陷入困境，而攝津內的織田勢力，包括伊丹親興、池田勝正等人，又遭到高槻的入江春景阻擋，無法及時趕赴救援。所幸光秀等人防禦得當，面對十倍以上的敵軍，硬是撐了五天。

動員如此龐大的兵力去驅趕一萬多人的三好大軍，的確稍嫌誇張，但信長乃是希望趁此機會完全鎮壓住京畿。在如此十萬火急的情況下，竟然還記得這些政治上的基本考量，充分顯示了他的強韌與周密。

正月六日黃昏，織田信長接獲「足利義昭危急」的快報後，即刻單槍匹馬地在大雪之中疾馳而出，將普通至少要花三天的路程縮短為兩天，急如星火地趕到京城。最初只有十騎隨從他，沒多久竟然膨脹成五萬、八萬大軍，雷霆萬鈞之勢，比桶狹間奇襲時還要銳不可當數十倍。