深謀遠慮的下下籤
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然而，這一連串的事情看在守舊派的人眼裏，反映出來的是「京都新領主」有多危險的訊號。對於這群依附舊有權威和傳統特權，不懂得實事求是、尋求變通的人來說，信長的個性和做法，簡直就是對他們的正面挑戰。而反應機敏又善謀略的足利義昭，想必也已經洞悉了京都貴人的這種心態吧。
連織田家內部都有人在暗自擔憂。不，連許多已經知道歷史結局的現代史家，都認為這是信長失去耐性的表現。
接下來，三月一日信長頒布了撰錢令，然後又在十六日訂定追加條款，以一定的折價率來流通品質粗糙的「惡錢」。信長是考慮到，如果全面淘汰惡錢造成貨幣不足，將會降低流通率，形成貨幣流通障礙。這個形同貨幣制度大改革的撰錢令，是一個有利於普及貨幣經濟，振興工商業的經濟政策，但也十分不易貫徹。大和地方便曾留下紀錄，說主事者為了殺雞儆猴，曾嚴懲違令者，斬斷其手指。
京畿的人長期處於權力鬥爭的漩渦，對於政治非常遲鈍，唯一的政治伎倆便是陽奉陰違。他們臉上露出嘲諷的微笑，背地裏譏笑信長和其部下的辛勞，但卻絕不反抗。光是這樣，不知怎麼地就可以讓事情窒礙難行，無法推動。
「聽說這次這個姓織田的，嚴格得不得了呢。」
「信長大人真是個大忙人呀。」
「這樣下去，織田家恐怕撐不久了。」
相對地，信長選擇直接和朝廷來往，接二連三地致贈金錢和禮物給天皇。信長認為，既然要當家來，臣屬沒有政治野心的天皇，當然遠比一直想握有大權的足利將軍有利。
同年（永祿十二年）三月，足利義昭曾邀請信長擔任副將軍，也曾勸誘他繼任斯波家的家督，成為幕府的管領。但信長均加以婉拒，只接受了上有桐樹和二引兩的家徽。信長心知肚明，一旦他成為副將軍或管領，就必須終身屈居於義昭之下，如果不服從將軍的命令，便會被貼上「逆臣」的標籤。不過，義昭並未就此罷休，甚至請求天皇派遣使者前往勸導信長擔任副將軍，但信長根本不予回應。
因為此時他們對織田家的武力評價並不高，還一直把織田信長和他手下的將領視做鄉下的粗莽武士。
此外，在三月十八日，他還接見了南蠻宣教士路易斯．弗洛以斯，允許他傳講基督教。信長雖然極力壓迫擁有領地和僧兵的固有宗教，但對當時不求世俗權益的基督教卻十分寬大，也可以說信長本身就擁有近代的「信仰自由」觀念。
兩天後的三月二十日，信長還命朝山日勝、弗洛以斯，以及修道士羅連蘇當著他的面展開宗教論戰。結果據說是弗洛以斯和羅連蘇這一方獲勝。信長之後仍經常邀請佛教各宗派展開宗教論戰，這種做法證實了信長的確是一個篤信合理主義的無神論者，完全把宗教視為一種思想理論，既不畏懼神佛，更沒把宗教的政治勢力放在眼裏。
他擬定的第一個策略，是將織田信長納入室町幕府的組織體系內。
永祿十二年二月二十七日，將軍居城舉行破土典禮，不料第二天信長做出一件震驚京內人士的大事——燒毀了拒繳矢錢
對於這個曾經靠著河渠、洋槍、財力和靈通的情報網，維持獨立自治體制的商人之城來說，繳納兩萬貫的矢錢，傷到的恐怕不是他們的荷包，而是他們的自尊心。雖然如此，這些諳於世故的商人們，依然替信長派來的諸位上使，如柴田勝家、佐久間信盛、森可成等人，舉行了盛大的歡迎茶會。由大文字屋的宗觀持有，名列天下三大酒器之一的「初花」，便是在此時贈送給信長的。
京城的新統治者織田信長，不時現身此處，親自監督工程。織田家的將士只要得便，也都會來此監督或協助。因為長期紛亂而蕭條的京畿，終於又開始恢復了活力。京城的百姓臉上帶著微笑快速通過工地，還不時有人竊竊私語道：
從遺留下來的諸多文獻上均有秀吉的署名即可證實，木下藤吉郎秀吉此時的確名列織田家的京都奉行之一。而且，四月二十一日信長返回岐阜以前的文件，大都是由丹羽長秀、明智光秀及村井貞勝等人連署，但之後的絕大多數文件，都只有秀吉一個人的簽名。當然，當時的職權劃分不夠清楚，無法確實指出誰才是真正的奉行，因此由村井貞勝或細川藤孝連署的文件，之後也偶爾可見。但可以肯定的是，信長離京而去時，一定曾賦予木下藤吉郎極大的權限。
因為消息已經傳遍了京城，說這個大名只要看到手下的足輕調戲經過工地的女人，便格殺勿論。
「別擔心，他的熱度很快就會退了。」
事實上，織田信長當時的行動力也著實讓人瞠目。去年九月才剛成功入京，他又片刻不休地繼續進攻攝津、大和與和泉，同時驅逐三好家的餘黨，又四處巡迴發佈命令，要求寺社或都市繳交矢錢。接著又撤廢關卡，開始丈量劃分在近江佔領的土地，然後又推動數個
信長的這些舉動使物資流通順暢，刺激了京都的景氣，讓老百姓高興得合不攏嘴，也讓那些靠關卡的收入或遺漏未登錄的土地獲利的寺社和小豪族損失慘重。而那些被課徵矢錢的寺社和都市更是激烈反彈。
然而，像信長這樣一個為了攻陷美濃，願意花費七年工夫死纏爛打、不斷出兵的人，不可能會性急躁進，未經深思便莽撞地推動改革。信長的思緒始終冷靜有序，此時如怒濤拍岸般的劇烈改革，當然也有合理的解釋。信長清楚知道，與其一再推動小規模的改革，每次都導致不滿與抗爭，倒不如一鼓作氣地大改革，這才是良策。既然這樣，最好的時機當然莫過於現在，也就是尾張的織田家才剛剛接管上方的時刻。打鐵要趁熱，所以最好趁眾人驚魂未定之際斷然推行大改革。等到嫉妒信長成功的遠國大名蜂擁而至的時候，別說改革了，恐怕動輒便會樹立敵人呢。所以，信長在這個時期所推動的激烈改革，就是基於這種想法所實施的「刺激療法」。
在此期間，信長仍按部就班地著手推行「嶄新的政治」。其中一件工作，就是取得許可，在堺和近江的大津、草津設立代官。以廢除關卡或實施樂市樂座所創造出的廣大市場為基礎而日益繁榮的工商業，一定會帶來相當的財政收入。信長希望能擁有一個固定的機構，負責將這些收入吸納進織田家，也就是中央政府。或許也可以說，信長是想藉此宣告，今後財政的基礎不只建立在農業上，都市工商業也將有極大的貢獻。
疑懼的是，眾人會質疑將軍到底有多少斤兩，夠不夠分量。自信的是，如果能集結各地的不滿，也未必不能和信長對抗。
大和的寺院或山城的神社經常前來向義昭訴苦哭窮，懇求他支援。將軍親信的身邊也經常有過去持有「座」的商人出入。這些人都是織田所推動的改革的受害者。當這種情況日益頻繁以後，義昭和他的親信也慢慢地產生了疑
會面時，弗洛以斯致贈信長一只鬧鐘，但信長以構造太過複雜，留在自己手上可能無法順利走動為由，並未收下。可是，他卻對弗洛以斯帶來的黑人極感興趣。他懷疑黑人全身塗了墨汁，還特別命下人端臉盆來替黑人清洗全身。信長敏銳的觀察力和實事求是的精神，在這個插曲中表露無遺。
這兩種情緒迅速凝聚，逐漸形成一股怒氣和慾念。義昭和他的親信本來就有強烈的投機性格，根本無法拒絕這種誘惑。不過，義昭並未蠢到立刻展開「打倒信長」的行動。相反地，他可以說是當時一流的策士，智計過人且深謀遠慮。
的確，織田家軍紀嚴明，城內治安也因此大獲改善，讓居民非常高興且放心。但光是調戲女人就當場格殺，也未免太嚴苛了，京內的人不禁心懷恐懼，不知道何時信長的嚴苛會臨到他們身上。
但另一方面，信長又著手興建將軍的居城二条城，不但從尾張、美濃、近江等地，甚至還大張旗鼓地從伊勢、三河、山城、攝津、河內、大和、和泉、若狹、丹後、丹波、播磨等十四個地方招募工人。藉著替將軍營造豪華外表的假象，以充分利用將軍的權威——這就是信長心裏打的算盤。
織田信長就在這種情況下，率領主力部隊返回岐阜，義昭將軍還裝做一副若無其事的樣子，一直送信長到粟田口。不過，這時他的心中一定充滿了憤怒，因為他對這次信長派下來留守京都的人非常不滿。先前由明智光秀等人擔任的京都奉行和負責與將軍交涉來往的人，已改由丹羽長秀、中川重政、村井貞勝、武井夕庵，以及那個連跳三級的暴發戶木下藤吉郎秀吉來擔任了。
京內到處都是織田家的將士和來自各地的工人。在勘解由小路室町真如堂的舊址，正在展開大規模的工程，興建新任將軍足利義昭的居城。
永祿十二年（一五六九）春，京都街頭洋溢著活力與困惑。
這些消極抵抗的京都貴族中，最主要的人物便是靠信長坐上將軍寶座的足利義昭。由於背負著室町幕府這個舊殼，他很自然地被視為舊勢力的代表，也成為他們團結的核心。
在此之前
在另外一群人中，也就是在宮中任職或出身貴族的上流社會之間，這樣的說法也正甚囂塵上。每當他們說這句話時，總是露出譏諷的微笑，假意地交換著同情的目光。因為此時日本的思想界深受佛教的影響，儒家崇尚勤儉的精神尚未普及，京都的人始終認為勤勉是缺乏文化的鄉巴佬才有的習性。因此，當他們看到織田信長和他的屬下成日馬不停蹄地忙東忙西，便誤以為這是「尾張的野蠻人」因為好不容易攻下京城，一時興奮過度所致。
京都的貴族們如此竊竊私語，默不作聲地等待著。然而，今年正月再度上京的信長，採取的行動竟然猶有過之。擊退了自阿波捲土重來的三好三人眾之後，他立即迫使足利義昭制定「室町幕府殿中掟」，要求將軍發佈任何命令都必須附上他的副狀，毫不隱諱地把將軍視為傀儡。
織田信長上京以來，京都的情況急速改變，舊有習俗遭到無情的踐踏，新的制度接二連三地訂定，並且以嚴苛的手段逐步推行、擴展。信長的熱度不但沒有退，反而越燒越炙，幹勁十足。事實上，織田信長從永祿十一年秋上京到十二年春天為止的行動，看起來的確十分莽撞急躁。京內有不少人都在背後交頭接耳道：
讓一個六、七年前還只不過是一介組頭的貧農子弟來治理京都的貴人，這樣的人事安排恐怕正是信長精心研製的一帖猛藥。