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織田部隊迅速攻陷長競、刈安兩個堡壘，一舉進逼小谷城。但由於小谷城所在位置山勢險峻，淺井家又奮力抵抗，以致未能竟功。而且後來當織田家暫停攻城、預備退守之際，淺井大軍竟尾隨而來，造成極大的傷亡。

於是，這兩年主要負責京都奉行等行政工作的木下秀吉，再度成為前線司令官兼外交諜報官，回歸軍政體系。

此時，雙方似乎各自擺出兩列縱深的陣勢。換言之，姉川的北側是朝倉和淺井組成的聯合軍，朝倉在右翼（西），淺井在左翼（東）；南側則是織田和德川組成的同盟軍，織田在右翼（東），德川在左翼（西）。雙方的兵力，很明顯地左右不均，因此信長特別自織田大軍中抽出一千人，交由稻葉通朝統帥，前往支援德川部隊。六千德川部隊要應付一萬多朝倉部隊，信長卻只派出一千人前往支援，或許真的是對三河武士的驍勇善戰信心十足吧。

差不多在這個時候，織田大軍也總算來了援手。留在橫山城守備的氏家直元、安藤守就的部隊，眼見信長的本陣都岌岌可危，火速趕到戰場，衝破淺井陣勢的左翼。

起初兩軍各據山頭布陣以對，六月二十七日清晨，朝倉、淺井部隊假裝後退，前進至姉川附近。於是織田家也退下山頭，積極迎戰，結果變成朝倉一萬餘士兵加上淺井八千名士兵所組成的一萬八千大軍，和織田兩萬三千、德川六千共兩萬九千人所組成的隊伍，隔著姉川對峙，準備決戰。

由於姉川會戰時援軍敗退，橫山城失陷，使淺井領地的南半部遭到佔領，其中只剩下磯野員昌鎮守的佐和山城孤立其間。

這場戰事，木下組並沒有太大的戰功，倒是藤吉郎發揮了他得意的宣撫手腕，成功拉攏了長競的守將樋口直房。這使得木下藤吉郎獲得了日後在進攻淺井時擔任先鋒的權利，意義重大。

暫停攻打小谷城之後，六月二十四日，信長將矛頭轉向橫山城，和德川家康的部隊一起將該城團團圍住。淺井長政在朝倉景健率領的萬餘大軍馳援下，揮兵前來挽救橫山城的危急局勢，展開了所謂的「姉川會戰」。

因為朝倉家的撤退而露出右翼，本隊左翼又遭到氏家、安藤的攻擊，淺井長政終於無法支撐，撤退逃入小谷城。據說會戰於當天下午兩點結束，死亡人數分別是朝倉、淺井的聯合軍共一千七百人，織田、德川的同盟軍共八百餘人。朝倉、淺井雖然潰敗，但死者不及一成，在軍事上並未造成毀滅性的創傷，因此在會戰之後還苟延殘喘了很長一段時間，讓織田信長深受其苦。

姉川會戰告捷，織田信長故意將結果加油添醋地通知足利義昭及毛利家，以便發揮牽制的效果。為此緣故，街頭巷尾也傳出許多誇大的謠言，甚至繪聲繪影地說淺井長政、朝倉景健均已戰死沙場——連消息靈通的朝臣山科言繼都在他的日記中這樣寫著。

木下藤吉郎或小一郎從未參加過如此大規模的會戰，眼看強敵在前，藤吉郎興奮得全身發抖，恨不得趕快殺敵立功，再三懇求信長派他當先鋒，但信長並未接納。當天木下秀吉的部隊位在織田家十三組人馬的第三陣，前面還有第一陣的坂井政尚以及第二陣的池田勝三郎恆興，共計六千人。

同時，信長也將佔領來的橫山城交給木下秀吉，命他監視淺井長政所在的小谷城。自此以後，橫山城便成為織田家在北近江的根據地，由木下秀吉擔任此地區的司令官。

針對此，信長在其東邊的百百築寨，交給丹羽長秀鎮守，又命市橋長利、水野信元、河尻秀隆進駐周圍的山寨，採取包圍的態勢。

儘管如此，木下組仍然全面捲入戰鬥。上午十時左右，淺井部隊的先鋒大將磯野員昌衝進敵陣，轉瞬間便突破了織田部隊的第一、第二陣。木下組奮力阻擋其前進，但淺井部隊又陸續派出淺井政澄、阿閉貞征、新庄直賴等人，主將長政也親率大軍出擊，猛烈的攻勢很快就擊潰了木下組的陣勢。當天織田大軍的十二組人馬一直被突破到第九陣，直到信長的主陣才好不容易擋住對方的攻勢。織田家的部隊始終不擅長短兵相接的作戰，也因為體認到手下士兵的弱點，信長才會那麼早就開始使用並仰賴洋槍彈藥。

同年五月二十一日，織田信長暫時返回岐阜重整部隊，並於將近一個月後的六月十九日，再度率領大軍進入近江，攻打淺井長政的小谷城。大軍再度由已經建造好攻略據點的木下藤吉郎擔任先鋒。

當然，近江的軍事情勢也起了變化。

另一方面，德川家康所率的三河士兵，果然如預期的勇猛善戰。一、二陣的酒井忠次、小笠原長忠所率的兩千士兵負責擋住朝倉家的攻擊，家康的本隊則繞至左方採取攻勢，反而克制了朝倉大軍，使其緩緩脫離戰線。這樣的結果，或許是因為擔任援軍的朝倉部隊戰鬥意志不夠旺盛所造成的。