試煉
3
朝倉義景、淺井長政眼見積雪太深，無法運送糧秣，決定回應和議，信長也假稱「上意難違」，慨然接受。時值十二月十二日。
之後在一月底，信長又命瀧川一益攻打伊勢長島，但是沒有甚麼收穫。長島的門徒宗以願證寺為中心，將周遭的分寺布建為城寨，並在本願寺派來的下間盛照等人的指揮下，組成了強大的軍隊。願證寺的證意甚至還自稱「長島大人」，擺出一副戰國大名的姿態。
進入十一月以後，北越的山野開始降雪，自越前運送兵糧來此轉趨困難，織田家才總算見到一線曙光。因為這麼一來，朝倉大軍便無法長期滯留比叡山了。信長當然不會放過這個機會，或許該說，信長苦候許久的時機終於到來。
不過，整體的情勢說起來只能算是有進有退。五月間，木下藤吉郎固守的橫山城也遭到淺井長政的攻擊，之後信長又再度嘗試攻打伊勢長島，結果遭到門徒宗的迂迴埋伏，柴田勝家負傷、氏家卜全戰死，以慘敗告終。當然，戰敗的風聲照例又鼓舞了信長的敵手。
站在信長的角度來看，本願寺超越宗教應有的規範，任意擴充世俗的權力，根本就是個欺騙愚民、貪圖錢財的邪教。更何況本願寺的反抗態度日趨強烈，遲早必須發兵加以征討。
隨著時間的流逝，姉川勝戰的效果日益降低。周遭的人逐漸發現，織田家雖然在會戰中贏得勝利，但淺井或朝倉並未因此滅亡
織田家最先繳出成績的是丹羽長秀。二月二十四日，他降服了淺井家的要將磯野員昌，拿下了佐和山城。信長將此城交給長秀，成為連接北前線據點橫山城與岐阜、京都間的重要據點，在鞏固織田家逐漸拉長的動線上，意義重大。
眼前織田家所面臨的窘境是，若不徹底擊潰某個敵人，就無法打開活路。而此時織田信長竟然選擇了一個讓天下人驚愕的對象，做為他的第一個目標。
元龜二年八月十八日，織田信長突然率兵前往近江，先進入木下秀吉的橫山城，然後在余吳、木之本等地四處放火，接著又在二十八日進入丹羽長秀的佐和山城。九月三日則揮兵攻打了南近江的本願寺派據點金森。
在另一方面，信長則對朝廷表現出強烈的尊重，他把京畿內外收集來的米借給京內的百姓，並將因此而得到的利息充做朝廷費用的一部分。
在這之間發生了另一起事件：伊勢長島的一向宗徒奉本願寺的命令，攻打尾張的小木江城。該城乃由信長的弟弟信興鎮守，由於寡不敵眾，城被攻陷，信興被殺。前有朝倉、淺井，後有三好和石山本願寺，信長分身乏術，只能眼睜睜地坐視弟弟喪命。可見強大的織田軍團在群敵環伺的情況下，早已左支右絀了。
一年前，當朝倉、淺井大軍登上比叡山時，信長曾遣人送信，表示願歸還領國內的延曆寺領地以交換該寺的支持，否則便要「在初詣時將根本中堂三王
九月十二日半夜，石山本願寺突然晨鐘大作，舉兵反抗信長，原來大量紀州門徒所組成的洋槍隊早已在事前進入寺內。長達十年的苦戰，就此展開。
據說這是為了斷絕大坂本願寺等和朝倉、淺井、加賀門徒間的聯繫，但其實信長真正的目的，應該是在阻止物資流通，以減少朝倉、淺井家的財源，因此，實為經濟上的封鎖。
據說當明智光秀說明叡山代代相傳的佛像有多麼珍貴時，信長竟然應道：
這兩大聖俗勢力的反目，信長的敵人當然也看在眼裏，不管是朝倉、淺井、三好三人眾或足利義昭，莫不暗自期待本願寺能加入反織田大同盟，積極地展開行動。信長所面臨的情勢之險惡，就像地下全都鋪滿了接上導火線的地雷般，一觸即爆。
受到農民和領導農民的農村武士熱烈信奉的本願寺一向宗，在戰國時期擁有強調以農為本的政治性格，它以全國各地的寺院為據點，架構了一個掌控農村武士的獨立小王國。其中有像加賀一樣，整個地區完全由一向宗徒眾所組成的自治組織所統治的地方；或是像紀州的雜賀或伊勢長島一般，只是在當地擁有武力強大的自治體。整體而言，一向宗擁有一種宗教共和國的政治理念，相信來世救贖的末世思想，並且拒絕來自大名的一切控制和壓榨。
「光秀你似乎還不知道，那些東西都只是木頭和金屬做的。」
直到這個時候，似乎連友軍都不知道信長出馬的目的，咸以為他是在赴京的途中。等到九月十二
織田家的武將當然有人表示反對。明智光秀擔心攻打如此權威的大寺院，會帶來政治上的不良影響；佐久間信盛則強調會失去學問僧這樣的貴重資產。可是信長一概充耳不聞，就這麼放火把五百餘棟社寺堂塔燒得一乾二淨，並將三千男女僧俗全數斬首，不論出家與否。
十一月二十一日，信長首先和南近江的六角承禎媾和成功。因為六角家擔心北嶺大雪覆蓋之時，織田大軍會一舉攻來，所以趁此之前趕緊和信長議和。接著十一月三十日，信長將足利義昭請來三井寺說服朝倉、淺井家接受和議，他甚至還說動朝廷，由天皇直接下令他們言和。
織田信長終於脫離了第一重窘境，織田家的將領都不禁鬆了一口氣。然而，天下並未就此太平，不能因而鬆懈，信長本人也壓根就沒有這種打算。才剛開年，信長立刻著手各個擊破敵人。他所展開的第一個行動，便是在元龜二年（一五七一）正月二日，命令鎮守橫山城的木下藤吉郎封鎖姉川——也就是斷絕自近江、姉川到琵琶湖畔的朝妻之間的一切水陸交通，阻斷京都、大坂地方與北近江、北陸之間人與物的流通。
另一個可能的目的，或許是為了避免洋槍這種新式武器落入朝倉、淺井手中。由於姉川會戰，與堺並列的另一個洋槍產地：近江國友村，也已納入了織田家的勢力範圍。
九月五日，本願寺要求紀州的門徒出兵，六日又向各地門徒發出檄文，呼籲眾人群起反抗信長。以第十一代宗主顯如
本願寺的發兵，無庸置疑地鼓舞了所有反織田勢力。待在野田、福島山寨內的三好大軍因而硬撐不屈；在姉川潰敗的朝倉和淺井，後來竟和他們取得聯繫，緩緩自近江來到山城。織田信長腹背受敵，面臨了畢生最大的危機。
本願寺和信長纏鬥的時間，比任何大名都長。當朝倉、淺井敗亡，足利義昭遭到放逐，武田信玄和上杉謙信分別去世後，只有這個寺院始終不肯屈服。它消耗掉的織田家士兵比任何勢力都多，但本身也流了最多的血。
這和織田信長以獨裁君主統一全國、「天下布武」的理想背道而馳。因此從兩年前，本願寺就滿懷苦澀地觀望著信長的勢力逐漸擴充。特別是信長推行的樂市樂座和統一徵收年貢等制度，剝奪了本願寺和其轄下寺院的收入來源，對他們而言，簡直形同無可原宥的暴力鎮壓。
面對這種情勢，被趕出畿內的三好三人眾，率先有了反應。七月二十一日，他們再度從攝津登陸，在野田、福島築起山寨，準備反攻。在一海之隔的四國擁有堅固城池的三好三人眾，簡直就像惹人厭的蒼蠅一般揮之不去。
不過，這個時候比三好更強的敵人——恐怕也是織田信長一生中最強的敵人——終於開始出動了：那就是以攝津大坂的石山為根據地，在全國各地擁有無數大小據點的本願寺。
本願寺深知情勢危險，毫不畏懼地展開反擊。
不管怎麼說，自傳教大師以來，「叡山」便是鎮護國家的大道場，權威無比，連平清盛都不敢冒犯大批進入京都的叡山僧眾，而深為所苦。況且開山六百餘年來，也造就了無數的名僧，累積了博深的學識，擁有深厚的傳統。同時，這個寺院並未像本願寺一般積極地發動武力攻擊，只是提供朝倉、淺井等「信長的敵人」避難的場所。
織田信長決意要封鎖本願寺。八月二十日，信長從岐阜出發，二十五日進入攝津，二十六日包圍三好大軍所在的野田、福島山寨，同時進軍至天王寺，分別在天滿、森之宮、海老江、川口、神崎、難波等地安排部將固守，擺出包圍石山本願寺的陣勢。信長很明顯的是想以軍事壓力封鎖本願寺的行動。
信長以激烈的行動來倡導無神論，同時以血和火將他政教分離的政治理念昭告天下。
九月二十三日，信長撤離攝津返回京城，翌日又再拔師坂本，意圖攻打朝倉、淺井。但朝倉、淺井登上比叡山，採行持久戰術。信長以歸還領國內的延曆寺領地為條件，勸比叡山延曆寺投降，但該寺態度堅定，不改支持朝倉、淺井的立場。
以往大名多半都是奉獻土地給朝廷，但信長超越了這種農本社會的觀念，改為奉獻借貸米的利息。這樣的做法的確非常符合信長的作風。他的策略是想藉著提升朝廷的權威，以緩和他對諸多舊傳統的無情踐踏。對信長來說，古老的權威是隨時可以用別的東西來取代的。