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然而，在這個織田家內外忙碌的多事之秋，藤吉郎當然不可能只負責看守橫山城。當朝倉、淺井響應本願寺的號召攻入比叡山時，他和百百的守將丹羽長秀一邊圍剿建部、觀音寺的作亂，一邊趕往信長身邊。另外，德川家康派石川家成率兩千士兵前來援助時，也是木下藤吉郎前往瀨田迎接的。

到了四月，織田家本身也出了狀況。三好義繼和松永久秀分別反叛，三好固守在攝津的若江城，松永則待在大和信貴山城。可見宣撫招降不是織田家的專利，敵方也經常採用這一招。

從元龜元年到元龜二年，藤吉郎經常不在橫山城，但也未見任何記載顯示負責留守的是小一郎，反倒是竹中重虎或蜂須賀正勝等大將的名字出現在留守的紀錄上。

這一年的下半年，木下藤吉郎幾乎無暇待在橫山城。不過，由於淺井長政也已繞過湖北登上比叡山，因此橫山只要交給蜂須賀正勝或信長派來的竹中重虎留守就行了。木下和淺井這兩個在北近江對峙的大將，在彼此牽制中仍能保持相當的機動性。

負責留守的竹中重虎奮力防禦，奈何寡不敵眾，一直被攻到城的第二廓，加藤光泰負傷，苗木佐助戰死，戰況相當慘烈。此時，正由岐阜邁向歸途的藤吉郎接獲急報，連忙疾馳而返，竹中重虎等人自遠處望見，立即出城接應，形成夾擊淺井大軍的局面，逼其退回小谷城。

宮部繼潤接獲木下秀吉的勸誘，判斷淺井的頹勢和周遭的形勢，當機立斷地自小谷城奪回當人質的妻子，投向織田家。信長大喜過望，三月親臨橫山城，在虎御前山佈下長陣，但淺井長政閉城不出，最後仍一無所獲。

松永久秀等人引起的這場騷動告一段落後，七月信長又率五萬大軍進攻小谷城。這次信長在虎御前山築起山寨，並命明智光秀、中川重政、丹羽長秀等人在湖西築城，打算展開真正的長期作戰。

戰事持續了五十天，直到朝倉自越前率兩萬大軍來援，信長才退回橫山城。在此期間，木下藤吉郎另外率領了一批人馬攻打阿閉貞征鎮守的山本城，但也只不過取下五十多個首級，成為信長的長子信忠初次披掛上陣的彩頭。

奇怪的是，這次叛變在很短的時間內就草草結束，簡直就像沒有發生過一樣。信長才剛派軍討伐，足利義昭便出面說服雙方和解，結果松永等人又繼續待在織田家的旗下。看起來，煽動這次叛亂的，可能就是足利義昭。一直到五年後，松永才真正起而叛變，並因此喪命。

「信長的命脈，恐怕就像風前燭火吧。」

才剛進入正月，便有事件發生。元旦當天，信長在岐阜城為三男信孝（被送入伊勢的豪族神戶家當養子，改名神戶信孝）舉行元服的慶賀儀式，藤吉郎也出席參加。不料淺井家的淺井七郎、赤尾清冬，竟然趁藤吉郎不在時前來攻打橫山城。

不少人都抱持著這樣的看法。整個場景中，幾乎可以聽見成功地織網將信長團團圍住的足利義昭放聲大笑的聲音。在這個倉皇困頓、難關重重的時期，待在木下藤吉郎秀吉身邊的小一郎秀長到底在做甚麼，事實上完全沒有紀錄可考。

元龜三年（一五七二）就是在這種情勢下拉開了序幕。這一年，木下藤吉郎、小一郎兄弟幾乎都在忙著護衛橫山城。

自元龜元年的姉川會戰之後，木下藤吉郎秀吉便率領三千士兵坐鎮橫山城，負責監視淺井長政所在的小谷城，封鎖其行動。

很可能小一郎是和哥哥一起行動，而且和哥哥一同歷經了許多危險的場面。然而，不管是當時或事發之後，這個克盡幕僚之職的弟弟，從來也未曾說過隻字片語來誇耀自己的功勞。

北方的敵人朝倉、淺井依然安在，西方則有本願寺和三好三人眾。盤據根據地尾張側腹的長島門徒宗勢力未見衰退，領國內各地皆有門徒宗的反抗據點，而松永久秀等人的動向也不甚穩定。在這些內憂外患煎熬下，沒想到以驍勇善戰著稱的武田騎馬隊竟然也攻來了。

這個日後成為羽柴秀吉手下的行政官，表現非常突出的男人，是僧兵出身，原本附屬於湯次神社的善祥坊的住持。後來他霸佔了湯次下莊，成為領主，然後又改姓宮部，化為豪族。

這樣做的最後結果，就是敵友涇渭分明。

他也參加了火攻比叡山的行動，至於所扮演的角色就不得而知了。可以肯定的是，他並未像明智光秀或佐久間信盛一般勸諫信長，因為他既不尊重宗教，也不在乎宗教所能發揮的學術功能。藤吉郎心中所思所想的，是更實際的東西，而在他弟弟小一郎的眼中，這是很理所當然的。這一對缺乏「教養」的兄弟，從來不曾敬奉或尊崇過任何世俗「常識」所創造出來的虛構事物。就這一點來看，他們的確很適合追隨信長這種主觀意識強烈、政治思想不容他人置喙的君主。

在這眾多事件中，最值得注意的，就是織田信長於十月二十日發給大津顯證寺的安堵狀，其中還附上了藤吉郎的添狀。顯證寺是本願寺的分寺，信長之所以發給安堵狀，想必是為了分化本願寺的勢力吧。而信函內附上藤吉郎的添狀，顯示他在攻略方面相當活躍，想必在此也發揮了他的宣撫之才吧。

戰線依然呈現膠著狀態，沒有太大的進展。雖然織田家已經一步一步地將小谷城納入掌控，攻下只是時間問題，但來自各方的反擊也日益增強，情勢益發艱苦。而且此時又有一個極大的威脅開始迫近，那就是甲斐的武田信玄正率領精兵朝京城邁進。

只有一個非常明顯的事實，暗示了他這個時期可能的動態，那就是日後藤吉郎取得淺井家過去的領地時，許多曾依附淺井家的近江武士都成了小一郎的家來。由此推測，他一定曾默默努力懷柔北近江的人，以創造有利的作戰環境。

而且，在織田與朝倉、淺井和議成立的元龜元年十二月，木下藤吉郎又再度進入京都，負責守備和維持治安。因為在本願寺和足利義昭的策動下，京畿附近又開始瀰漫著一股不穩定的氣氛。

元龜三年，木下藤吉郎開始擔負起前述的斷絕交通任務。橫渡姉川的陸路倒還好處理，要封鎖水路就必須巡防一路緜延到朝妻為止的湖畔，實在不是件容易的差事。而且當封鎖開始生效時，淺井家的反擊也隨之增強。同年五月，淺井長政前來攻打橫山的屬城——箕浦城，藤吉郎率百騎精兵趕到，協助城主堀秀政共同擊退敵人。

前後長達兩年的北近江對峙，雙方皆無所獲，從頭到尾只不過是在小谷、橫山兩城之間爭來奪去。這一方面顯示了淺井家的小谷城固若金湯，但也證明了淺井家根本沒有足夠的實力壓倒織田家。淺井家不但失去了姉川以南的領地，並且因為交通封鎖和織田家再三放火燒村，財政也陷入困境。不少淺井家的將領因此心生動搖，給木下藤吉郎製造了拉攏的機會。這次他所相中的對象是宮部繼潤。

事實上，光就政治和軍事層面來評量，織田信長火燒比叡山是非常成功的舉動。此一事件不但讓人對信長的粗暴印象深刻，也滿懷戒懼地明白信長是個言出必行、含訾必報的人。再者，他攻擊目標轉向提供敵人方便的比叡山，而非真正以武力反抗的敵人，似乎更強化了這種效果。自此以後，畿內的大名或寺社都深切明白反抗織田有多危險，再也不敢輕舉妄動了。相對地，這些人一旦與信長為敵，就一定會徹底頑抗、死戰到底。既然身為舊體制的破壞者，立志推行「天下布武」的絕對君主制，這可以說是信長無可避免的宿命抉擇。