三十六章、戊辰戰爭
山內容堂本名豐信，乃是南海雄藩土佐高知的前任當主，據說酒量很大，人稱「鯨海醉侯」，是公武合體論的積極鼓吹者。當初黑船來航，國門被迫打開，山內豐信立刻重用吉田東洋等開國派進行藩政改革，成效卓著。不過東洋對內思想是傾向於佐幕的，山內豐信也與之相同。傳說水戶藩尊攘派領袖藤田東湖與豐信交好，曾經秘密對豐信說：「我藩是御三家之一，不能採取過激行動，而作為外樣的土佐就當以謀反為主要目標了。」豐信聞言「哈哈」大笑，說：「誠之進（東湖）又在胡說八道了。」
三千攻，兩千守，本來這仗是很難打的，然而因為肥后等藩的遠程炮火支援，使得武器裝備較差的「彰義隊」很快就落在了下風。戰鬥從早晨七時打響，到了午後，長州軍終於突破谷中門進入寬永寺，正在與薩摩軍鏖戰的「彰義隊」腹背受敵，在下午五時左右扔下兩百多具屍體，四散奔逃。
消息傳到七萬石的幕府譜代長岡牧野藩，家老河井繼之助召集群臣商議對策，部分家臣傾向於新政府，部分傾向於舊幕府，互相攻訐不休。最終河井繼之助敲定了「武裝中立」的方針，並且親自前往小千谷去和新政府軍談判。
然而，到了慶應四年（1868年）的一月下旬，京都卻開始流傳出「赤報隊」「恐嚇民眾，掠奪財物」的謠言，聽到這種謠言，已經進入信州的「赤報隊」二番隊、三番隊在兩位公卿頭子的率領下，立刻轉身跑回了京都。相樂總三茫然無措，於是孤身前往東山道總督府去澄清謠言。
且說慶應四年（1868年）五月，仙台藩主伊達慶邦、米澤藩主上杉齊憲向新政府奧羽鎮撫總督九條道孝提出，希望寬大處理會津藩。會津乃是幕府的親藩，藩祖保科正之本是德川秀忠的第四個兒子，過繼給譜代保科正光，繼承保科的苗字，保科氏先被封在信濃高遠，繼而移封出羽山形，最後換到富庶的陸奧會津，並且恢復了本家松平的苗字。當時的會津藩主是松平容保，他是佐幕的急先鋒，尊攘志士無不對其恨之切齒，非要除之而後快。
就以「赤報隊」和相樂總三為例吧。相樂總三原名小島四郎左衛門將滿，是下總國相馬郡鄉士小島兵馬的兒子，通稱四郎。受到櫻田門外事變的影響，年僅二十二歲的四郎萌生了尊王攘夷，挽救國家民族危亡的念頭，於是拿出家中所有積蓄招募同志。文久二年（1862年），他加入了「慷慨組」，在上野國赤城山起兵倒幕。
為了抵抗新政府軍的進攻，松平容保把老弱婦孺全都趕上了戰場。且說會津藩前此進行軍制改革，設立了青龍、玄武、朱雀、白虎四支軍隊，其中白虎隊相當於少年預備隊，都由十五到十七歲的少年藩士組成，總共三百人。到了這個節骨眼上，這些少年也全都被拉上了戰場，他們頭纏白帶子，奮勇為藩主而戰，最終大多戰死或切腹，成為封建愚忠的犧牲品。
榎本艦隊的旗艦「開陽號」本是幕府在戊辰戰爭前不久才從西方購得的新式戰艦，可以說是當時日本戰鬥力最強的水面艦艇。榎本就這樣幾乎把新政府的海軍力量全都掏空了，他於九月三日航至仙台藩的青葉城，與大鳥圭介、土方歲三等舊幕府殘餘軍隊會合。經過幾個人的反覆商討，最終決定前往蝦夷地創立新的國家、新的政府，以與明治政府分庭抗禮。
戰爭爆發后，四郎率領「浪士隊」的同志重新在京都集結，並且奉侍從綾小路俊實、滋野井公壽為主，組成了「赤報隊」，四郎改名相樂總三，擔任「赤報隊」一番隊的隊長。「赤報隊」領自新政府的主要任務是什麼呢？那就是作為東山道方面軍的先鋒，率先進入信濃、上野等國，一路宣揚新政府的仁政，號召附近諸侯歸附，聯兵倒幕。
【●上野和北越】
所謂「王政復古」，表面上的意思是恢復古代的天皇制，在天皇朝廷和百姓之間不再插進一個武家的幕府，天皇成為實至名歸的國家最高首腦，然而實際上，他們只不過打著天皇的旗號來倒幕，想要建立一個近代化的、西式的君主立憲國家而已。
河井繼之助在戰敗后逃到會津藩領內，八月十六日因傷勢惡化而撒手塵寰，享年四十二歲。雖然被迫做了阻擋歷史車輪前進的絆腳石，但作為一藩家老，繼之助這種可悲的命運恐怕是無法隨心改變的吧。
【●奪「玉」行動】
為了消除抵抗勢力，儘快穩定局勢，明治新政府于慶應四年（1868年）五月二十四日宣布了對德川氏的最終處分決定：勒令德川慶喜隱居，由德川氏宗家的田安龜之助繼承家督之位，改名為德川家達，改封駿府附近七十萬石。然而這一決定並未能使不滿西南藩閥掌握新政府的舊幕臣們安下心來，八月十九日深夜，前幕府海軍副總裁榎本武揚突然發動叛亂，率領八艘戰艦拔錨北上，前去與會津等奧羽諸侯會合。
九月八日，天皇下詔改元為明治，是為明治元年（1868年）。二十二日，會津藩終於被迫投降，「奧羽越列藩同盟」就此瓦解，奧羽地區的戰爭結束了。然而，大鳥圭介、榎本武揚等舊幕臣卻並不甘心失敗，他們撤退到蝦夷地也即北海道地區繼續頑抗，並且還建立了一個奇怪的「蝦夷共和國」——箱館戰爭就此發端。
【●最後的五稜郭】
然而，就在大村益次郎橫掃關東的時候，新政府軍在北陸地區卻陷入了苦戰。且說當年的四月二十七日，新政府軍北陸方面軍佔領了越后中西部的小千谷，傳令附近諸侯迅速表明態度，是支持新政府，還是支持「朝敵」德川氏。
此言一出，山內容堂第一個跳出來表示反對，說這分明是一場政變，是「暴舉」，隨即前越前藩主松平慶永也指責這是「刑名為先，道義為後」，要求立招德川慶喜與會—
【●江戶無血開城】
慶應四年（1868年）元旦，幕府發布「討薩表」，命令諸藩聯合出兵，把薩摩藩的勢力從京都驅逐出去。一月三日，幕府軍一萬五千人經鳥羽街道北上進攻京都。此時守衛京都的倒幕方只有長州一千五百人和薩摩三千五百人，兵力對比為三比一。
臨近冬季，天氣寒冷，加上海上風暴毫不可測，當榎本艦隊於十月二十日終於在蝦夷地內浦灣靠岸的時候，八艘戰艦隻剩下了五艘。不過兩千多舊幕府軍還是士氣昂揚地登上了陸地，十月二十六日開進了防備鬆懈的五稜郭，新政府委派的箱館府知事清水谷公考逃亡。
幕府大老井伊直弼興起「安政大獄」，作為「一橋派」的幹將山內豐信當然無法倖免，被迫把家督之位讓給兒子山內豐范，自己退居二線，改名為「容堂」。井伊大老被刺后，山內容堂重登政治舞台，大力推動「和宮降嫁」和公武合體。然而他不在位的這段時間內，土佐藩內的激進尊攘派已經得勢，他們刺殺了吉田東洋，而以武市半平太（瑞山）主持藩政。
十三日凌晨，同盟軍對朝日山發動猛烈攻擊，新政府軍不敵敗退。十九日，山縣狂介率軍繞道奇襲並且攻佔了長岡城，給同盟軍造成了心理上的沉重打擊。
慶應三年（1867年）元月，明治天皇登基，有栖川宮熾仁親王掌握了朝政。這位熾仁親王曾與和宮有過婚約，但被幕府橫插一刀，搞了個「和宮降嫁」，把未婚妻擄到江戶去了，親王當時是敢怒而不敢言，等到孝明天皇一咽氣，立刻就跳了出來，把矛頭直指幕府。在熾仁親王的努力下，朝廷頒下詔旨，赦免了從前被處罰和放逐的大批公卿，岩倉具視以及流亡在外的三條實美等人得以重歸政治舞台。
所謂新政府的「仁政」，主要是指「年貢半減」，這是相樂總三提出建議，受到西鄉隆盛等人同意的政治口號。總三認為，各地農民已在幕府多年的橫徵暴斂下苦不堪言，如果新政府答應減少一半年貢，他們肯定會群起響應，則幕府的統治必將瞬間傾垮。
在朝廷的支持下，上下兩股勢力開始積極活動。在上，島津久光、伊達宗城、松平慶永等藩主先後率兵上洛，尊攘派基本控制了京都及其附近地區；在下，薩摩、長州、土佐、安藝等藩的實權人物先後達成聯兵倒幕的密約。眼看全國性倒幕大勢將成，倒幕派就要動手，突然間，三不知跳出一個山內容堂來，幾乎壞了大事。
六月份，奧、羽、越各地同盟諸侯的援軍紛紛開到前線，而解決了上野「彰義隊」問題的新政府東海方面部隊也陸續向北增援，雙方實力同時壯大，新的激戰一觸即發。七月二十七日，河井繼之助利用對附近地理非常熟悉的優勢，派兵奇襲長岡，奪回了藩城。然而正當他想要乘勝追擊，徹底擊潰新政府軍的時候，卻發現戰鬥力聞名天下的薩摩軍大舉來援，並且已經逼降了長岡西面的新發田溝口藩。
這位大鳥圭介本是德川幕府的步兵奉行，江戶無血開城后，他率領以江戶町平民組成的傳習步兵隊北上依附會津藩。此時奧、羽同盟諸侯的目光都盯在西面，集合重兵防備山縣狂介進入出羽，而對南線的母成峠則不夠重視，派了些散兵游勇配合傳習步兵隊前去守備。
山內容堂著力打壓激進尊攘派，終於在慶應元年（1865年）的閏五月，也就是第二次「征長戰爭」爆發前不久，將武市半平太下獄處死，一掃激進尊攘派的勢力，改以態度溫和的后藤象二郎主持藩中政務。后藤象二郎隨即和坂本龍馬合作完成了「船中八策」，想要通過不流血的革命來完成政治改革。
明治天皇才一繼位，倒幕派公卿立刻行動了起來，其核心人物乃是蟄居在家的下級公家岩倉具視。岩倉具視本是中納言堀河康親的次子，後來過繼給岩倉家，因為受到關白鷹司政通的器重而擔任朝官。他原本是支持公武合體論的，因為推動「和宮降嫁」而成為尊攘派的眼中釘，被剝奪官位，勒令蟄居。大概遭此大難后，具視終於看清了天下大勢，認識到公武合體斷不能行，而尊攘派勢力龐大，並且日益傾向顛覆幕府，這是歷史潮流，根本無法阻遏，於是思想逐漸轉向尊王倒幕。
慶應四年（1868年）三月，東山道總督府突然逮捕了再度前來申訴的相樂總三及「赤報隊」殘餘隊員，隨即以「偽官軍」的罪名將總三及其親信八人在信州下諏訪處以斬刑——相樂總三享年僅三十歲。明治政府是以此向農民們表示：政府根本就沒有發出過「年貢半減」的承諾，這都是「赤報隊」這些偽官軍混淆視聽的謠言。咱們仗照打，幕府照倒，年貢照收，以為在新政府統治下農民們能過好日子，那只是不切實際的妄想！
明眼人都看得出來這一套分明還是「公武合體」的老花樣，所以後藤象二郎到處遊說，卻到處碰壁，就連土佐藩軍事總裁坂垣退助也說：「奉還大政之言雖美，卻全是空話。德川氏從馬上得天下，若不能在馬上將其奪回，就不能打倒其數百年來的霸業！」山內容堂大罵退助所言是「暴論」，立刻將其解職，同時命令后藤象二郎以土佐一藩的名義直接把計劃書提交給朝廷
原來德川慶喜跑去上野寬永寺「謹慎」的時候，幕臣十七人組成了「尊王恭順有志會」，立誓要維護幕府的統治。二月底，這個組織擴大到兩百餘人，隨即由澀澤成一郎和天野八郎將其改組為軍隊，固守寬永寺警護將軍，起名為「彰義隊」。江戶無血開城，德川慶喜前往水戶以後，「彰義隊」仍然不肯散去，聚眾兩千餘人，日夜騷擾江戶城的安全。西鄉隆盛數次派兵前往鎮壓，卻始終無法將其剿滅。
新政府決定剝奪德川慶喜、松平容保、松平定敬等二十六人的官職，將舊幕府「天領」直接劃歸朝廷直轄——你既然不肯「辭官納地」，那我就直接剝奪好了。同時新政府還下令以熾仁親王為東征大總督，發兵分東山、東海、北陸三道討伐江戶幕府。
然而日本東部的諸侯們可以容忍新政府的產生，卻不能容忍新政府大權都掌握在西南藩閥手中，他們要求有自己的一席之地。如果那些倒幕派志士真的為國為民，毫無私心的話，這一問題本是很好解決的，當然，站在當時人的立場上來考慮問題，那卻是完全不可能的事情。薩、長之間矛盾重重，大久保利通、西鄉隆盛一直想要把實權都抓在薩藩志士手中，著力排擠和打壓長藩志士，而長藩的大村益次郎數次指揮戰鬥，都以薩摩兵為先導，表面上是「好鋼要用在刀刃上」，實際卻是想用薩摩人的性命為長州執政鋪平道路。新政府一成立，自己人就開始爭權奪利了，怎麼還可能容許外人來分一杯羹呢？
前此幕府在法國人的支持下購進了大量新式武器，這些武器大多握在大鳥圭介和傳習步兵隊的手中，所以兩軍一交上火，新政府軍吃了很大的虧。不過會津、二本松等兵馬卻毫無戰意，一遇敵軍就倉惶撤退，使得大鳥圭介也只得在激戰後放棄了母成峠。隨即新政府軍又攻佔了十六橋，控制交通要道，直指會津藩城若松。
五稜郭乃是江戶幕府在安政四年（1857年）開始動工建造的西式要塞，其目的是阻遏沙皇俄國染指蝦夷地。整個要塞呈五角形狀，每個角上都設置有新式炮台，外有深深的戰壕圍繞，可謂是易守難攻的無敵堅城。
新政府軍佔領江戶城，並不是戰爭的最後終結。且說大軍一進城，立刻派尾張藩兵巡查城防，派肥后藩兵收繳武器和收容舊幕府軍，但結果肥后藩兵一共才找到七百二十二梃各式火銃和收容了兩百名舊幕府士兵。武器和人都到哪裡去了呢？
一月六日晚間，知道大勢已去的德川慶喜、松平容保等人秘密潛出大坂城，乘坐軍艦「開陽丸」逃往江戶。主帥臨陣脫逃，幕府軍更無復振的希望，將士們紛紛議論：「大樹（指幕府將軍）已去，咱們還怎麼打仗？」於是四散逃離。
河井繼之助希望新政府軍考慮長岡藩內輿論無法統一的矛盾處境，暫且繞過長岡藩東進，然而這個要求卻被新政府軍軍監岩村精一郎一口回絕了。繼之助勸說道：「德川氏已經表示恭順，江戶城也打開了城門，時至今日，戰爭已經毫無必要了。如果開戰，只能導致生靈塗炭和國家疲弱，西方列強趁虛而入。貴軍暫且繞路而行，以待本藩內部繼續討論對策，又有何不可？」
土佐的坂垣退助和薩摩的伊地治正知反對大村益次郎的決定，一方面，他們想儘快結束戰爭，另方面，也希望能夠為本藩搶得首功，於是建議不等北陸方面軍前來會合，而由東山道方面軍單獨進攻會津領。大村益次郎雖然認為此著過於兇險，但在薩、土兩藩的壓力下，還是被迫同意了他們的建議。
新政府下令，宣布德川氏為「朝敵」，幕府軍為「賊軍」，相對的，打著御旗的新政府主力薩、長聯軍自然就是「官軍」了。「御旗」在前線高高舉起，受過多年朱子學尊王思想洗腦的幕府軍見之大驚失色，士氣瞬間崩潰，於是乎狼狽後撤。
在與薩摩軍的惡戰中，河井繼之助腿部中彈，被迫退離戰場。失去了主將的同盟軍就此分崩離析，各藩逐一被新政府軍或攻破，或逼降，二十九日，新政府軍第二次攻佔長岡城，宣布了「北越戰爭」的終結。
「船中八策」深得山內容堂之心，為了避免倒幕派引發戰爭，容堂就派后藤象二郎拿著自己的計劃書去京都遊說。這套計劃的中心思想為「大政奉還」，即讓幕府把現有的統治權名義上奉還給天皇朝廷，由天皇指定設立一個以幕府將軍為議長，包括各地雄藩大名在內的「列侯會議」。山內容堂認為這樣就可以在不引發流血戰爭，不顛覆幕府，「忠義兩全」的情況下改革朝政了。
如上節所述，新發田藩的投降產生了連鎖效應，北陸形勢急轉直下。七月中旬，河井繼之助負傷逃遁，新政府軍第二次攻佔長岡城，宣布了北越戰爭的終結。山縣狂介隨即揮兵東北地區，想要翻越高山進入出羽國。消息傳來，大村益次郎傳令各部暫停進攻，因為他預計等北陸援軍趕到時已是冬季，東北地區寒冷的氣候將使來自西南地區的薩、長等軍寸步難行。既然如此，不如等到明年開春再進攻會津若松城。
小御所會議的決定傳到二條城、大坂和江戶，德川慶喜茫然失措，而其手下幕臣無不怒發如狂。幕府時代改易大名，造成很多藩士變成生活窘迫的浪人，沒想到這種境況今日會返還幕府本身，如果真的把「天領」（幕府直轄地）都交了出去，旗本們還有什麼活路呀！於是幕臣們集體鼓噪，到處作亂，江戶城中的薩摩藩邸首先受到衝擊。
就這樣，延續了整整一年半的戊辰戰爭終於結束了，但這隻是「明治維新」的開端而已。從此日本就從古代進入了近現代，向著一個誰都難以預料結局的新方向邁開大步。西南藩閥掌控的這個明治政府，就其根本上來說，是一個協力
然而這個蝦夷共和國，可悲地從成立之初就籠罩在重重烏雲之中，首先是在宣言發布的一個月前，旗艦「開陽」觸礁沉沒，其次在宣言發布后，西方列強不肯承認蝦夷政府是德川幕府的繼承人，從而放棄了局外中立的立場，站到了明治政府一邊。十二月二十八日，美國把一艘鐵甲巨艦賣給了明治政府，隨即這艘軍艦就被定名為「甲鐵」，明治政府決定以此艦為主力，擊破榎本艦隊，攻克蝦夷地。
就這樣，僅僅經過了四天的激戰，「伏見·鳥羽之戰」以新政府軍大獲全勝而告終，隨即西國、近畿各藩全都聲明擁護新政府。在一月七日的小御所會議上，商議追討幕府之事，山內容堂還想頑抗，高叫說：「慶喜不是賊臣，這是薩、長引發的私鬥！」結果遭到岩倉具視的怒斥，最終被迫俯首認輸。
一直到六十年後的1928年，日本政府才終於為相樂總三和「赤報隊」恢復了名譽。這一場延續了半個多世紀的冤獄，非常鮮明而透徹地揭示了明治維新以及維新政府的垃圾本質。
長州之所以能夠在「四境戰爭」中取得勝利，原因是多方面的，最主要在於幕府的腐朽、諸藩聯軍的裝備既差，配合度又不高，而長州則經過軍制改革，裝備精良，同時上下一心，士氣高漲。此外，薩摩以及英國對長州的暗中支持也起了很大的作用。
八月二十日，新政府軍三千人從二本松城出發，直撲地勢險要的母成峠。當時守備母成峠的乃是大鳥圭介的傳習步兵隊，以及會津、仙台等藩兵，新選組和二本松藩的殘兵，總共八百人左右。
明治二年（1869年）三月二十日，榎本艦隊的三艘戰艦——回天、蟠龍、高雄——離開箱館南下，準備奇襲並捕捉北上的「甲鐵」。然而倒霉的是，三艦還沒能看到「甲鐵」的影子，先就碰上了暴風雨，蟠龍和高雄全都不知道漂到哪裡去了。剩下的回天艦在艦長甲賀源吾的指揮下，依舊執著地想要完成使命，於是在三月二十五日單獨沖入宮古灣，向以「甲鐵」為首的明治政府八艘戰艦發動襲擊。
【●小御所會議】
我們忠誠尊王，不惜拋頭灑血，你們東國各藩一直當幕府的走狗，現在卻想搖身一變成為新政府的一員，世上哪有這種惠而不費的美事？西南藩閥們一定都是這樣想的吧。
就趁著相樂總三離開的機會，信州各藩紛紛對「赤報隊」發起突襲，將其半數殺死，半數逮捕。等到總三在東山道總督府申訴成功，樂呵呵回到信州的時候，不禁被眼前的情景給驚呆了。經過他反覆遊說和催促，各藩終於答應將所逮捕的「赤報隊」一番隊隊員全部釋放——但這隻是一個緩兵之計而已，「赤報隊」的徹底覆滅就在眼前。
當然，以區區長岡七萬石，雖然經過河井繼之助多年經營，兵強馬壯，也終究是無法與新政府大軍相抗衡的，於是繼之助就加入了以北陸和東北地區舊幕府親藩、譜代為主體所組成的「奧、羽、越列藩同盟」，求取援兵，共同拒敵。
這是慶應三年（1867年）十二月底的事情。第二年為慶應四年（1868年），九月改元明治，農曆是戊辰年，倒幕戰爭終於全面爆發了，史稱「戊辰戰爭」。
當時英、法兩國爭奪對日本的控制權，英國認為幕府已經徹底腐朽，無法利用它來統治整個日本，因此轉而支持藩政開明，並且逐漸打開國門的薩摩、長州等藩，希望實現以天皇為中心的雄藩聯合體制——也就是坂本龍馬所設想的那一套。而法國看到英國這種態度，反倒加強了支持幕府的力度。可以說，如果沒有英國人摻和，長州未必能夠輕鬆打贏「四境戰爭」，而如果法國人不在其中攪事，大概高杉晉作在戰勝後會趁勝追擊，直薄京都去吧。
孝明天皇慶應二年（1866年）六到八月間爆發的第二次「征長戰爭」，以十五萬幕府軍被四千長州軍擊敗而告終。從此幕府威望直落谷底，家茂將軍去世后，其後見人德川慶喜被迫下令終止戰爭，全線撤退。十二月五日，德川慶喜繼任為第十五代征夷大將軍，也是江戶幕府的末代將軍。
而另一方面，末代幕府將軍德川慶喜在繼位前不久就開始了一系列幕政改革，內容包括購買武器，改革軍制，改組幕府，以五位老中分掌五局，等等，在法國人的幫助下，頗有振作自雄，重新建立以幕府為中心的統一國家的意願。這次改革能否最終成功暫且不論，但很明顯的，一旦幕府統治稍有起色，慶喜將軍很可能再開徵長之役。
勝海舟、山岡鐵舟與另外一位高橋泥舟，並稱為「幕末三舟」。且說這位山岡鐵舟奉命前去和東征軍參謀西鄉隆盛交涉，態度不卑不亢，時人都稱「朝敵德川慶喜有家臣山岡鐵舟盛風凜凜。」在山岡鐵舟的努力下，西鄉隆盛答應維持德川家系，並且留下德川慶喜一條小命，送他去水戶藩待罪，而幕府方則答應打開江戶城門，把包括軍艦在內的所有武器都移交給新政府軍。
推翻德川幕府的封建統治，將日本帶入近代社會的明治維新，可以分為前後兩個階段，第一階段就是戊辰戰爭，前後不過持續了一年半的時間而已，然後就是漫長而艱難的制度改革、經濟改革階段。對比世界各國的近代資產階級革命，往往血流成河，戰爭曠日持久，新舊勢力反覆佔據上風，日本的這場革命無疑要迅速得多也溫和得多。然而，不管採取了何等過激的手段，各國革命中總能讓人看到雖然可能很幼稚也
寬永寺防備嚴密，兩千余「彰義隊」固守西、南方向各門。新政府軍總共三千人，大村益次郎安排戰鬥力最強的薩摩、肥后、因幡三藩兵馬攻擊南方的黑門，對戰敵軍主力，長州軍則進攻西方的清水、谷中二門以為牽制，此外，肥前、尾張、備前等藩兵馬在寬永寺西南方向構築炮兵陣地，掩護前線部隊的進攻。
前面提到過，「彰義隊」的開創者本是澀澤成一郎，他因為受到天野八郎的排擠而被迫退出，另外組建了「振武軍」。「彰義隊」在五月十五日覆滅，餘黨很多都加入了「振武軍」，數量激增到一千余。五月二十三日，大村益次郎率領三千新政府軍猛攻「振武軍」，將其擊潰，澀澤成一郎逃亡東北地區。就這樣，江戶周邊地區終於基本穩定了下來。
幕府立刻牢牢抓住這一根救命稻草，慶應三年（1867年）十月十四日，德川慶喜將軍上奏請求「大政奉還」，並表示願意辭去征夷大將軍之位。面對幕府的這種恭順姿態，部分決心不夠堅定的倒幕派公卿和大名表示可以接受，而態度堅決者則趁機更加緊對京都地區的控制。十一月十三日，薩摩藩主島津茂久（即島津久光之子島津忠義）領兵上洛，要求朝廷召開會議，下達「王政復古」的大號令。
閏四月，朝廷任命大村益次郎為軍防事務局判事，單騎東下，前來解決上野「彰義隊」的問題。於是西鄉隆盛將軍事指揮權交給大村益次郎，商定調動主力從西、南兩面進攻寬永寺，於五月十五日晨展開猛烈進攻。
繼之助所言很有道理，然而從新政府軍的角度來看問題，是不能在長岡藩向背不明的情況下輕率東進的，那樣等於在自己背後埋下了一顆定時炸彈。最終談判破裂，惱羞成怒的河井繼之助回到長岡，立刻秣兵厲馬，準備和新政府軍惡戰一場。
十二月九日早晨，朝廷下達「王政復古令」，同時在小御所召開會議，齊集公卿百官和有力大名，商討改組政府的問題，最終決定撤銷傳統的關白和各種養老令官職，以熾仁親王為總裁，公卿中山忠能、三條實愛等人，以及大名松平慶永、山內容堂等人為議定，組成新的政府，岩倉具視、后藤象二郎、西鄉隆盛、大久保利通等人則擔任參与，負責具體事務。
正因如此，薩摩、長州等藩絲毫也不敢因為幕府軍被擊退而大鬆一口氣，他們計劃著乘勝追擊，從政治和武力兩個方面徹底顛覆幕府的統治。說來也巧，就在家茂將軍去世后不到半年，當年十二月二十五日，孝明天皇也猝然駕崩了，終年三十六歲。
其實仙台、米澤這些外樣又何有愛于會津松平？他們不過是藉此來觀察新政府的態度，看看新政府將會怎樣處理東北各藩而已。結果九條道孝悍然拒絕了兩家的請求，於是以會津松平氏、出羽庄內酒井氏兩藩為首，於六月二十二日成立了「奧羽同盟」，共同抗拒新政府軍的北上。其後北越后長岡、新發田等藩也陸續加入，是為「奧羽越列藩同盟」，總共大小三十一家諸侯。
繼承天皇寶座的乃是孝明之子睦仁親王，繼位一年零九個月後改年號為明治，故稱明治天皇，而所謂的「明治維新」也正是由此得名的。這位天皇繼位時年僅十六歲，說不上幼小無知，可也並沒有明確的政治傾向，這使得倒幕派大為歡喜，認為這才是自己應該奪取的一塊良「玉」。
舊日本的統治者是德川幕府，其統治中心在江戶城，「王政復古」以後，仍以天皇為名義上的領袖，而以薩、長、土、肥等西南藩閥為核心的新政府在京都成立，隨即新政府揮師東征，慶應四年（1868年）三月進入江戶，可以說新舊兩大勢力的鬥爭至此已經大局底定，戰爭應該可以結束了。
「彰義隊」的首腦天野八郎逃進江戶城中躲藏了起來，數日後被新政府軍捜出關入監獄，不久后死於獄中。
經過此戰，榎本艦隊幾乎全軍覆沒，明治政府軍得到了制海權，隨即就於四月九日登陸蝦夷地，對「蝦夷共和國」發動了猛烈的進攻。在「甲鐵」等戰艦的炮擊配合下，政府軍很快就攻陷了弁天岬台場炮兵陣地，以及新近修築的五稜郭北方防禦工事「四稜郭」，把五稜郭團團包圍了起來。
二月十五日，新政府五萬大軍離開京都，三月五日進入駿府城，把此處作為進攻江戶的大本營。幕府先後派了多批包括僧侶在內的社會人士前往駿府，請求議和退兵，都被東征大總督熾仁親王嚴辭拒絕了。留在江戶主持大局的勝海舟無耐之下，只得搬出了「精銳隊」頭領山岡鐵舟。
雖然甲賀源吾及其部下作戰英勇，但想依靠一艘老式木體艦，以傳統的接弦戰方式去俘虜鐵甲艦「甲鐵」，本身就是一件很可笑的事情，更何況「甲鐵」身邊還有七艘護衛僚艦。戰鬥僅僅持續了三十分鐘，就以甲賀源吾等十三人戰死，三十餘人負傷，回天艦被俘虜而宣告了計劃的失敗。
這次起兵失敗后，四郎逃歸江戶，不久后又加入水戶「天狗黨」，在筑波山舉義。「天狗黨」遭到鎮壓，四郎在江戶也存身不住，於是東上京都，在那裡認識了薩藩的尊王派首腦西鄉隆盛和土藩的尊王派首腦坂垣退助等人。慶應三年（1867年），西鄉隆盛派四郎秘密潛回江戶城，組織「浪士隊」，騷擾德川幕府統治的中心區域。「浪士隊」的種種舉動使得幕府大怒如狂，於是在強硬派幕臣小栗上野介忠順的指揮下，當年十二月二十五日，幕府軍攻擊並燒毀了江戶薩摩藩邸——這是戊辰戰爭爆發的導火索。
正在危急之時，大久保利通向新政府方面的總大將仁和宮嘉
〔「赤報隊」的悲劇〕
孝明天皇是堅定的攘夷論者，但同時也是佐幕派，他仍想維持傳統的幕藩體制，只不過希望幕府對朝廷的態度更為恭順，自己對政治有更大的發言權而已。尊攘派數次遭到迫害驅逐甚至殺戮，除了幕府在揮舞屠刀外，孝明天皇其實也「功不可沒」。因此從某種意義上來說，這位天皇才是倒幕派的最大敵人，所以也有天皇實際是被倒幕派暗殺的說法流傳至今。
新政府方面，自大村益次郎結束上野戰爭以後，東山道和東海道兩軍就陸續北上進攻東北地區，五月奪取了南陸奧的重鎮白河城，七月攻佔二本松城，直薄會津藩領，希望能夠在年內結束這場戰爭。
【●從會津到箱館】
同時在北陸戰區，五月十九日，山縣狂介奇襲並且佔領了長岡城，同盟軍總大將河井繼之助向新發田等藩求救，然而新發田藩主溝口直正在出陣當日卻遭到領內數百農民的阻攔。這些農民以大庄屋（地主）小川五兵衛為首，手持木棒和竹槍，攔在城門前高呼道：「不能和官軍為敵，否則定將滅亡！」溝口直正無奈，只得退入城中，隨即就與山縣狂介暗通款曲，投降了新政府軍。
在鳥羽口四塚關門，包括會津藩兵、新選組在內的幕府軍遭到薩摩藩士椎原小彌太所部的阻攔，戰鬥在一月三日下午五時正式打響。幾乎同時，守備伏見御宮的長州軍也和幕府部隊交上了火，是為「伏見·鳥羽之戰」。
會議開了一整天，到了晚間，開始商討如何處置德川幕府的問題，岩倉具視侃侃而談，提出勒令幕府「辭官納地」，即要求德川氏辭去世襲的征夷大將軍職務和朝廷所授予的官職，同時交出所有幕府直轄地，等候新政府裁處。
小御所會議召開后，德川慶喜拒不接受命令，不肯「辭官納地」，他反過來還指斥倒幕派為「奸」，從二條城退至大坂，聚集兵馬，打算「清君側」。在幕府武力威脅和山內容堂等人的內部破壞下，朝廷態度趨軟，決定將「辭官」之官改為「前內大臣」，「納地」之地改為「政務費用」。眼看小御所會議所取得的成果即將全面流產，西鄉隆盛就指示尊攘志士在江戶城內引發暴動，逼迫幕府搶先開戰。
榎本等人佔領五稜郭后，立刻進兵松前藩的福山城——松前藩曾一度被移封至出羽，其後不久又挪了回來——毫無準備而又兵少將弱的福山城很快就陷落了。十二月十五日，榎本武揚等人發表《箱館宣言》，宣布成立蝦夷共和國，選舉榎本武揚為總裁，大鳥圭介為陸軍參謀，土方歲三為陸軍奉行並。
雖然武器精良，組織嚴密，終究眾寡懸殊，薩、長兩軍打得極為艱苦，西鄉隆盛已經做好了讓明治天皇喬裝成女官逃出京都，退往長州的準備——天皇男扮女裝逃亡，似乎也是日本歷史上的慣例。
三月十四日，勝海舟親往江戶城下薩摩藩邸會見西鄉隆盛，最後敲定了「江戶無血開城」——本來次日就是新政府軍對江戶展開全面進攻的日子。思想開放，曾經暗中支持過尊攘派，同時也是幕府海軍的締造者的勝麟太郎海舟，因為此舉挽救了無數人的性命而得以垂名青史。
同盟軍北陸地區的主將就是河井繼之助，而新政府軍的實際指揮者是北陸道鎮撫總督府參謀、長州重臣山縣狂介。雙方於五月十日首先在信濃川邊交上了火，第一回合，因為尾張藩兵的臨陣退縮，新政府軍吃了個大敗仗，隨即山縣狂介率領長州軍於十一日展開全面反攻，佔領朝日山制高點，扭轉了敗局。
且說德川慶喜是一月十一日回到江戶城的，他立刻召集群臣商議對策。經過去年的幕府改革，此時那些世襲老中、重臣已經沒有什麼發言權了，掌握幕府軍隊權力的分別是勘定奉行小栗忠順、步兵奉行大鳥圭介、海軍副總裁榎本武揚，以及軍艦奉行勝海舟。前三人主戰，只有勝海舟主和，最終德川慶喜採納了海舟的建議，自動離開江戶城，前往上野的寬永寺「謹慎」。
土方歲三率領「額兵隊」衝出五稜郭，想要奪回弁天岬台場，結果不幸中彈身亡。慘烈的戰鬥一直延續到五月十八日，政府軍派出黑田清隆等人前去和榎本武揚談判——這位黑田清隆本是薩摩藩士，曾經作為西鄉隆盛的使者前往與長州藩秘密接洽——已經窮途末路的蝦夷政府被迫低頭，五稜郭終於打開了大門，日本全境得到統一。
且說當年「七卿落難」，逃離京都，往依長州毛利氏，但隨即因為第一次「征長戰爭」，幕府命令長州交出剩下的五卿，把他們流放去了北九州。慶應三年（1867年）三月，在熾仁親王和靜宮清保親王（晃親王）的奏議下，這五卿終於重歸朝廷，三條實美和岩倉具視等人就和薩、長勢力聯起手來，準備收拾殘局，推翻幕府統治——這一派人被稱為「王政復古派」。
且說這位志氣衝天的高杉晉作，在「四境戰爭」結束后不久就嘔血卧床，隨即在第二年也就是慶應三年（1867年）四月十四日永遠閉上了眼睛，享年僅二十九歲——查其病因，乃是慢性的肺結核。
原來，有關「赤報隊」「恐嚇民眾，掠奪財物」的謠言，根本就是新政府派人放出去的，其原因就在於新政府財政拮据，無法承擔龐大的軍事開銷，被迫向三井等大財閥借款，而這些大財閥為了聚斂錢財，根本上反對「年貢半減」政策。基於這一因素，新政府不惜食言而肥，失信于天下百姓，「赤報隊」就此變成了可悲的政治犧牲品。