十章、紛亂南北朝
延元元年（1336年）五月二十七日，新田義貞在五千殘兵的保護下，帶著戰敗的消息返回京都。后醍醐天皇此時再慨嘆楠木正成的策略有多正確，後悔自己不用其人之計，也已經來不及了，只好攜帶著三種神器，率領皇族、公卿、武士數萬人撤離京都，重上叡山——給尊氏下過院宣的光嚴院在途中假稱患病，轉身折回京都。
【●顯家奮迅】
元弘三年（1333年），鎌倉幕府滅亡，六月，后醍醐天皇回到京都，隨即任命北畠親房的兒子、年僅十六歲的北畠顯家為陸奧守，輔佐義良親王鎮守東北地區，親房也跟隨其子去到了陸奧。足利尊氏發動叛亂，南北朝開始以後，親房提出「東國經營」的策略，親自前往關東地區，想要分化瓦解跟隨足利氏起兵的關東豪強們。
【●南朝棟樑盡失】
以金崎城為基地，義貞憑藉東宮之名徵集部隊，並派其弟脅屋義助前往要隘杣山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。義助剛離開金崎城，杣山城城主瓜生保、義鑒兄弟就在母親的授意下，搜集了數千兵馬趕來匯合。
因為民間百姓對楠木正成這一歷史形象的喜愛，更因為日本官方大力宣揚武士道精神，宣揚以忠為主體的日式儒家思想，所以南北朝孰為正統的爭論一直延續到近代，在軍國主義抬頭的明治天皇在位期間竟然引發了全社會的大爭論和大動蕩。最後明治天皇乾脆連祖宗都不要了，正式宣告南朝為正統，他本人的祖先們都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系譜——這真是世界各國都從來沒有過的大笑話。
南北朝直到明德三年（1392年）十月，才在足利尊氏的孫子義滿的努力下，和平歸於一統。此後的日本天皇，都是光嚴、光明天皇的子孫，自然堅持自己的正統地位，不過民間也有很多反對者——因為後醍醐天皇當初交給光明天皇的三種神器竟然都是贗品，神器始終保存在南朝天皇手裡，直到南北朝結束才交給北朝天皇，那些反對者們堅持認為，神器在誰手裡，誰才算是正統。
南朝新帝登基，就是后村上天皇，年僅十二歲。且說當時天下局勢，南北朝各佔三分之一，餘下三分之一朝秦暮楚，左右搖擺。南朝主要由脅屋義助經營北陸，北畠親房、顯信父子經營關東。興國元年（北朝歷應三年，1340年）九月，斯波高經攻破越前府中，脅屋義助經美濃、尾張，退往伊勢，不久後進入吉野，覲見了后村上天皇。
【●北朝觀應之亂】
湊川合戰，「軍神」楠木正成永遠地消失了，足利尊氏謄出手來，立刻調集所有部隊進攻新田義貞。在尊氏絕對優勢兵力的圍攻下，新田軍徹底瓦解，義貞的戰馬也被箭矢射殺，最後徒步退到一個名叫「求女冢」的墳冢上。已經突出敵圍的義貞同族部將小山田高家見狀，毫不猶豫地沖回敵陣，將自己的馬匹讓予義貞，然後徒步掩護突圍直至戰死。
北畠顯家戰死後的當年七月，堅守長達四個月的男山城終於被攻破，北畠顯信遁走河內。
就在這種背景下，雙方的談判終於獲得成功，元中九年（北朝明德三年，1392年）閏十月，南朝後龜山天皇離開吉野，在將神器交付給北朝的后小松天皇后，體面地遷往嵯峨大覺寺隱居——南北朝時代就此終結。
而這個時候，主張「東國經營」的北畠親房，正在常陸、房總等地陷入苦戰。先是高師冬率京方軍東進，在小田城下擊敗了北畠親房，隨即小田城主小田治久內通高師冬，迫使親房退往關城，其子北畠顯時退往大寶城。高師冬進攻關城，同時派小笠原貞宗進攻大寶城。興國三年（北朝康永二年1343年）十一月，因為關東有力豪族結城親朝的策謀，最終兩城都被攻下，北畠父子逃往吉野。
受到高氏兄弟的支持和慫恿，許多幕府的有功之臣肆意妄為，惹得足利尊氏大為頭疼。比如美濃守護土岐賴遠某次來到京都，在大街上遇見了光嚴院的御駕，衛士們高呼讓路，土岐賴遠竟然高呼道：「什麼院駕在此？或許你說的是犬駕。若是犬駕，我便射他一箭。」當真拉弓放箭，射掉了院駕的車簾，還命令手下把隨駕的公卿暴毆了一頓。
元中六年（北朝康應元年，1389年），山名時義去世，其子時熙繼承了一門總領之職。山名氏同族的丹波、和泉守護氏清與丹后、出雲守護滿幸為了爭奪家督之位，在足利義滿面前進時熙的讒言。於是義滿遂于次年（1390年）命令山名氏清、滿幸討伐山名時熙及其弟氏幸，並且承諾說：「如果成功，就將時熙兄弟的守護國賞賜給你們，但馬給氏清，伯耆和隱岐給滿幸。」義滿很想趁著這個天賜良機一舉擊垮山名本家，所以還給蟄居贊岐的細川賴之寫了密信，要他從四國出兵，協助平定備后。
足利義滿親率直屬武士「奉公眾」及在京各大名的軍隊，總數估計近萬，前往討伐。在大內義弘、細川賴之、畠山基國等守護的奮戰下，山名軍很快就全線崩潰，山名氏清戰死，滿幸逃亡——是為「明德之亂」。戰後，造反的山名氏被全數剝奪了領地，而站在幕府方的山名時熙兄弟只得回了但馬、伯耆、因幡三國——「六分之一殿」的後代，勢力萎縮了七成還不止。
〔北畠親房和《神皇正統記》〕
然而，足利幕府最終卻並沒有兌現自己的承諾。到了應永十九年（1412年），后小松天皇讓位給年僅十二歲的東宮實仁親王，是為稱光天皇。十六年後，稱光天皇去世，沒有子嗣，於是大覺寺統的小倉宮謀為天皇，因為得不到幕府允准而遁往伊勢，在大名北畠滿雅的支持下舉兵叛亂。最終叛亂被平定下去，持明院統的彥仁親王被擁上寶座，是為後花園天皇。大
留守鎌倉的千壽王足利義詮派兵出利根川迎擊，被陸奧軍殺得全軍盡沒。而同時奉父命在上野搞煽動活動的新田義貞之子義興也舉兵響應，上野一國皆反，甚至連曾經發動過「中先代之亂」的北條時行也不知道從哪裡突然冒了出來，率其黨羽在伊豆舉兵，宣布加入南朝方，給予義詮以致命的打擊。十二月，顯家、義興、時行三面圍攻鎌倉，義詮棄城而逃。
足利幕府經過觀應之亂后實力大損，相對的，南朝一度恢復統一號令，又得到足利直冬等直義殘黨的支持，開始逐漸佔據上風，在山名時氏、楠木正儀、足利直冬、桃井直常等將統率下，南朝軍隊曾經先後兩次攻入京都。
三十日，各方向彙集來的官軍在新田義貞的統領下，對京都展開反攻，尊氏軍收縮防線，採取守勢，形勢再次倒向後醍醐天皇一邊。然而，官軍終究人數較少，在發動過幾輪攻擊后，由於因後援枯竭而被迫後退。撤退過程中，新田義貞主力遭到細川定禪的追擊，大將名和長年戰死。
北畠親房出自村上源氏，鎌倉初期的政治家源通親是其祖先。后醍醐天皇初繼位時，就有三位重要的臣子輔佐他並推進復興皇室、推翻鎌倉幕府的改革，此三人即為吉田定房、萬小路宣房和北畠親房。后醍醐天皇召禪僧玄惠入宮講解朱子學，北畠親房也就拜在玄惠門下，他可以說是推動日本朱子學發展成型的重要代表。
此後，斯波義將討平佔據越中的南朝名將桃井直常，勢力逐漸恢復。到了天授四年（北朝永和四年，1378年），細川賴元等進攻南朝的領地和泉、紀伊，遭到慘敗，隨即代替其為將的斯波派山名氏清、山名義理卻成功攻取上述兩國。從此細川賴之的聲望大跌，遂于次年（1379年）閏四月被趕下了台。斯波義將再任執事，發兵討伐細川賴之。
足利義滿前期的對南朝戰爭，基本上都是由細川賴之在指揮。他先是任命今川貞世（了俊）為九州探題，貞世在大內義弘的協助下，打敗菊池武朝等南朝武將，基本控制住了九州的局面。其後，細川賴之誘降楠木正儀，隨即以正儀為先鋒，以弟細川賴元為總大將，突襲南朝的天野行宮，將南朝軍隊主力消滅殆盡。
數百年間的官方論調，北朝是正統，南朝是偽朝，既然如此，那麼楠木正成、新田義貞等人也都是侍奉偽朝的「朝敵」了。然而到了十六世紀，德川光國編纂《大日本史》，為了宣揚楠木正成的所謂忠義精神，公然和官方大唱反調。德川光國是江戶幕府德川氏將軍的同門，是當時聲名卓著的「賢侯」，他的論調因此受到了很多人的追捧。
【●南北朝的終結】
就在新田義貞戰歿的當月，后醍醐天皇任命北畠顯信為鎮守府將軍，將關東的軍事全權委託給他，以及其父北畠親房。第二月也即八月，北朝光明天皇終於把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大將軍的名號賜了下來，足利幕府也稱室町幕府就此正式拉開序幕。
【●細川賴之和足利義滿】
京方的足利幕府，所以能夠最終取得南北爭亂的勝利，很大程度上得益於足利義詮對在鄉武士和各地守護的妥協讓步。正平七年（北朝文和元年，1352年），足利尊氏以其子義詮的名義發布了「半濟法」，即允許守護以徵收「兵糧米」為名，獲取屬於公家、貴族和寺社莊園的一半年貢。這一政策最早在近江、美濃和尾張三國執行，足利義詮當政時逐漸擴大到北朝所控制的所有領地。
當然，這種莊園經濟向守護的領國經濟轉化的趨勢，強化的只是作為整體的京方，而非足利幕府本身，這柄雙刃劍在消滅了「朝敵」以後，反過來也砍向足利幕府將軍，這卻是尊氏、義詮兩代都根本無法預料的。到了足利義滿時代，很多家族身兼數國守護，軍事力和政治影響力都足以威脅幕府統治，義滿費盡畢生心力，也終究無法徹底解決這一問題。
就在轉戰關東的那五年中，北畠親房完成了他的重要著作《神皇正統記》。這是一部以朱子學為指導思想，以朱熹的《通鑒綱目》為模本的史書，記述從所謂「神代」直到南朝後村上天皇繼位這千余年間的歷史，更明確點說，是這千余年間的天皇史。親房在書中宣揚「大義名分」，筆誅「亂臣賊子」，主張天皇必須擁有三種神器，並且具備神器所對應的正直、慈悲、智慧這三種道德，而公家、武士們則應當遵守傳統秩序輔佐天皇，這樣才能使政治穩定，社稷安康。
然而雖然送掉了高氏兄弟的性命，尊氏和直義間的和談最終還是破裂了。當年八月，足利直義被迫逃往北陸。十月，尊氏歸降南朝，並且取得了追討直義的詔命。次月，北朝崇光天皇被廢，莫名其妙的，天皇朝廷又名義上歸於一體了，史稱「正平一統」。
經過反覆協商，足利尊氏擁立光嚴上皇的弟弟豐仁親王號令天下，就是光明天皇。后醍醐天皇答應退位，並將三種神器授予光明天皇，唯一的條件是，讓自己的兒子成良親王入主東宮。
足利尊氏于延元元年（1336年）開設幕府以後，設置關東管領以統治關東地區，設置奧州探題以統治奧羽地區，設置九州探題以統治九州十一國，都派同族擔任。然而，幕府的實際權力卻操持在執事高師直和侍所頭人高師泰這對兄弟的手裡。
從延元三年（北朝歷應元年，1338年）直到興國四年（北朝康永元年，1342年），北畠親房一直轉戰關東各地。然而他的努力卻是徒勞的，建武新政早就寒了地方武士的心，關東豪強紛紛內通足
延元三年（北朝歷應元年，1338年）七月，得知北畠顯家戰死，男山城形勢危急的新田義貞抽調大部分兵力，命脅屋義助為大將進軍南下。剛到半路，就傳來了男山城陷落的消息，義助只得引兵返回北陸。義貞兄弟審時度勢，決定先攻打駐守足羽城的斯波高經，以穩固後方——閏七月二日，北國的南朝大軍象潮水一般湧向足羽城。
后村上天皇任命脅屋義助為西國、四國總大將，使其揮師從紀伊走海路挺進四國，在小豆島建立基地。四國豪族紛紛響應，義助很快便控制了大半個四國，同吉野朝廷及在九州奮戰的菊池黨遙相呼應。然而就在這一關鍵時刻，突如其來的疾病奪去了脅屋義助的生命，是為興國三年（北朝康永元年，1342年）五月——四國地區的分裂形勢一直保持到南北朝結束。
元中九年（北朝明德三年，1392年），南朝體面地交出神器，結束分裂局面，是基於以下四個條件：一、后龜山天皇向北朝小松天皇讓渡三種神器，其儀式不是投降，而是授予；二，今後的皇位仍由持明院和大覺寺兩統交替繼承；三，諸國國衙由大覺寺統管理；四，長講堂領由持明院統管理。
然而，頑強的北畠顯家竟然又一次從失敗中爬了起來，當年五月，他帶著不知道從哪裡變出來的軍隊，再度出現在了和泉的堺。五月二十二日，高師直聞訊而來，在石津與北畠顯家展開最後的激戰，這次，年僅二十一歲的顯家再也沒能從滿地屍骸中站立起來……
然而，意外發生了，當時竹羽城附近的藤島砦由平泉寺的僧兵把守，新田義貞派兵攻打，因為久久沒能得到勝報，遂親率五十騎前往探查。行至半途，遭遇一支為數三百人的敵軍，混戰中一支流箭射中了義貞的眉心——叱吒天下的名將新田義貞，就這樣莫名其妙地戰死了，年僅三十八歲。
得益於北畠顯家的圍魏救趙戰術，固守杣山城的新田義貞贏得了短暫的喘息機會。在這彌足珍貴的幾個月時間里，義貞得到越后、加賀等地僧兵部隊的有力支援，勢力象雪球一樣越滾越大，終於突破杣山城的包圍，屢敗京方軍，幾乎佔領了整個越前國。
這種種舉動必然會引起相當數量激進派武士，尤其是僻遠鄉下，根本不在乎天皇和朝廷為何物的武士們的反感，而這一類武士的代表人物，就是高氏兄弟。
據說后醍醐天皇臨終時，左手持法華經，右手持寶劍，並且傳下遺言：「唯願消滅朝敵而致四海太平，縱使埋骨南山，魂魄也要遙望北闕。」他這種勢不罷休的精神，倒也是挺值得讚佩的。
細川賴之最強有力的政治對手是斯波高經之子斯波義將。斯波高經原本是直義派武將，後跟隨足利義詮，因此義將一度出任幕府執事，當時的斯波一門權勢熏天，這就引起了有「婆娑羅大名」（此處的「婆娑羅」，指特異而華麗的穿著）之稱的佐佐木高氏的憤恨。在高氏的讒言中傷下，正平二十一年（北朝貞治五年，1366年），足利義詮解除義將的執事職務，隨即發兵討伐斯波父子——是為「貞治之變」。斯波父子逃往北陸，不久高經病死，義將復歸幕府。
當年十一月，足利尊氏開設幕府，為了穩固自己的統治，他編成新的武家法典《建武式目》，減輕「建武新政」以來壓在農民身上的沉重負擔，獎賞有功武士，懲治貪官污吏，打擊貴族、寺院勢力，禁止他們參与國政。在這一法典的約束下，政治開始走向清明，各地武士之心也逐漸安定下來。
足利直冬本是尊氏與侍妾所生的庶長子，被直義收為養子，並下賜「直」字。他受命走到備后國的鞆津地方，突然遭遇高師直部下的襲擊，被迫遠遁九州。高師直兄弟本是天不怕地不怕的悍將，于備后襲擊了直冬后，回過頭來又聚集一族郎黨襲擊足利直義。在這次事件中，尊氏明顯偏袒高氏，結果畠山直宗和上杉重能被殺，直義被迫於當年十二月出家入道，聲稱遠離俗世的紛爭，放棄俗世的權力。
「明德之亂」的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他們沒有追隨新田義貞，而是跟了足利尊氏，屢立戰功，到了山名時義當家的時候，全族執有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但馬、出雲、隱岐、備后、和泉、紀伊等十一國守護職，因為全日本才不過六十六國，故此人們都尊稱山名時義為「六分之一殿」。
后醍醐天皇非常信任北畠親房，他有意立次子世良親王為嗣，就把世良親王託付給親房教導。然而元德二年（1330年），世良親王突然病逝，北畠親房因此引咎出家，法號宗玄。
條件非常優越，今後兩統不要再搶著當天皇，仍然大家有份，並且就算你暫時沒能輪上，也還有自己的領地，吃穿不愁。既然面子有了，裡子也有了，勢窮力蹙的南朝又有什麼理由不答應呢？
足利尊氏聞報大怒，遂于延元二年（1337年）元月，再派大將高師泰統率精銳殺向北陸。此時新田義貞手上並沒有足夠的軍隊，又不能放棄這來之不易的根據地逃往它處，正在苦無對策之時，突然接到后醍醐天皇的使者，報稱天皇已在吉野復辟，並且召集到了一定數量的部隊，很快便會趕來支援，金崎城中軍民士氣頓時萬分高昂。
且說北朝康永、貞和年間，高氏在關東戰敗了北畠親房，隨即在河內四條畷殺死楠木正行，攻陷了南朝的大本營吉野，功勛卓著，聲威煊赫。為了制約高氏的勢力，正平四年（
《神皇正統記》系統地闡明並且發展了傳到日本的朱子學，將許多神道內容也糅合其中，宣揚日本「肇國悠久」、「皇位神聖」。可以說，北畠親房的這種思想是近世日本神國體系以及在此基礎上產生的軍國主義思想的濫觴。
拿下鎌倉后，北畠顯家于次年（1338年）元月揮師西下。不甘失敗的足利義詮聚攏敗兵，尾追南朝部隊求戰，在美濃的青野原再度全軍覆沒。就這樣，足利尊氏起家的老窩、整個關東平原全都落到了北畠顯家手中，后醍醐天皇的吉野朝廷總算有了一塊還算成規模的領地。
山名時熙兄弟猝不及防，戰敗被迫隱居，足利義滿削弱山名氏的計劃完成了第一步，而細川賴之也因此功勛，得已重新參与幕政，其子賴元繼任為將軍執事。下一步，足利義滿準備把下野的時熙兄弟再扛出來，反過來利用他們去打擊得勢的山名氏清和山名滿幸。於是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名滿幸侵奪后元融院在出雲橫田莊的御料地，突然解除其丹后守護一職，並下令追放。山名氏清、滿幸被迫舉兵叛亂，於十二月間率領五千兵馬直逼京都。
土岐賴康沒有兒子，就撫養侄子康行和滿貞作為繼承人，等他死後，年長的康行成為一族總領。土岐滿貞心懷不滿，就向足利義滿進讒言說康行有謀反的企圖，義滿正中下懷，於是下詔討伐土岐康行。
身為最高統治者，足利尊氏對這種行為不能不聞不問，否則傀儡北朝就根本無法控制，自己也就失去了大義名分。然而當真處罰這些有功之臣吧，又怕會冷了武士們的心，終究打天下、滅南朝靠的不是院駕，不是公卿，而是這些不懂規矩的鄉下武士們。
正平十六年（北朝康安元年，1361年），由於受到佐佐木高氏（道譽）的挑撥，細川和氏之子清氏投降南朝，隨即殺入京都，迫使足利義詮和后光嚴天皇逃往近江。次年（1362年）七月，細川賴之在贊岐白峰城大敗細川清氏——清氏或許就歿於是役，總之從此消失了蹤影。因為戰功，賴之節節攀升，最終成為幕府執事，並且足利義詮臨終前，也把年幼的兒子義滿託付給了他。
武士們擁護足利尊氏造建武朝廷的反，是為了把土地和政權重新從公家和貴族手中搶奪過來，建立一個全新的甚至比鎌倉幕府更為強大的武家政權。然而南北朝對峙開始以後，足利尊氏為了更大限度地維持內部安定，拉攏友方勢力，被迫對公家和貴族做了部分妥協，他延遲了地方上從莊園制向領主制的演進過程，限制豪族們的權力擴張，仍然擁戴京都朝廷，並且保護支持自己的公家和貴族們佔有土地。
兩軍接戰，高師泰一時敗績，退回京都。當年十月，足利直冬統率大軍殺到京都郊外，其父直義趁機逃往大和，掀起了反旗。為了能夠在與高氏的對決中穩佔上風，直義乾脆背棄兄長尊氏的陣營，主動提出歸降南朝。后村上天皇喜不自勝，立刻答應了他的請求——是年為正平五年（北朝觀應元年，1350年），幕府一分為二，史稱「觀應之亂」。
戰火四處燃起，遙遙不知止期。到了正平三年（北朝貞和四年，1348年），楠木正成的兒子楠木正行在河內四條畷戰死，高師直長驅直入，攻陷了南朝的首都吉野，后村上天皇狼狽逃往穴生。到了這個時候，形勢對京方絕對有利，天下眼看就要太平，沒想到，足利幕府內部卻亂了起來……
然而這個時候，奧州猛虎北畠顯家卻又開始行動了。足利尊氏進入京都后，后醍醐天皇行蹤不明，北畠顯家就在陸奧靈山奉戴義良親王為主，積極備戰，準備東進復國。延元二年（1337年）八月，他接到了新田義貞的求援書和后醍醐天皇從吉野發來詔書後，遂與結城宗廣、伊達行朝等奧州豪族從靈山出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。
正平七年（北朝文和四年，1355年）三月，足利尊氏、義詮父子擊敗南朝軍隊，收復京都。從這一年開始，南朝軍隊節節敗退，京方重新佔據了優勢地位。三年後（1358年）四月，足利尊氏死於京都二條的萬里小路邸，享年五十四歲，結束了他播亂的生涯。
南北朝誰都吃不了誰，第二代幕府將軍足利義詮遂嘗試用和平方式完成統一，派人多次赴南朝談判。然而兩朝要併合為一，存在著一個極大的前提，那就是只能剩下一位天皇，義詮當然支持北朝，而南朝的歷代天皇也都不願意讓出寶座，因此談判最終還是以破裂收場。
后話暫且不提，且說足利義滿的所謂「治世」。本來京方早有機會吞滅南朝，偏偏京方內部紛爭不休，各國守護日益坐大，時常發動叛亂，威脅幕府統治，甚至一個搞不好還倒向南朝，導致局勢瞬間扭轉。足利義滿畢生都在和這些守護勢力做鬥爭。
足利尊氏一看幹掉了兄弟直義，再度翻臉不買南朝的帳。南朝以宗良親王為征夷大將軍，率領新田義宗、新田義興、脅屋義治等將東下，和尊氏反覆爭奪鎌倉，鏖戰不休。當年八月，彌仁王繼立為北朝天皇，稱后光嚴天皇，一天兩帝局面重現。
不過希望很快就落空了，后醍醐天皇保守吉野都感覺困難，哪有力量賓士數百里來支援北國呢？只有脅屋義助比較迅速地點起數千杣山軍趕來，不幸於半途遭到高師泰的阻擊，激戰一天後，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而奮勇戰死，杣山軍全部覆沒。
可惜亂局
保護著東宮北上敦賀的新田義貞，此時手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不斷有士卒因為凍餓而倒下，真是極度的艱苦。好不容易到達敦賀，受到了金崎大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
足利直義身在京都，不敢不暫時委曲求全，逃到九州的足利直冬可就沒那麼聽話了，他很快回歸中國地區，召聚黨羽，隨時有東進報仇之意。於是次年（1350年）六月，高師泰向足利尊氏求得了討伐直冬的詔書，親率大軍離開京都向西進發。
這大概是受了文永、弘安之役元軍來襲的影響，一方面懷良親王並不了解大陸局勢，不知道這個明朝和以前蒙古人所建的元朝有什麼關係，另方面也基於前車之鑒，堅決不能向外來「侵略者」低頭服軟。朱元璋看了那封回書，大概會哭笑不得吧，於是他于次年（1370年）再派趙軼出使日本，說明自己所代表的並非蒙古人而是漢人，懷良親王這才恍然大悟，立刻好禮款待，並且上表稱臣。
且說這位足利義滿將軍，倒也算是一代雄主，他繼任幕府將軍的時候年僅十一歲，掌握實權的乃是執事細川賴之。細川氏本是足利氏的同族，細川俊氏生公賴、賴貞兄弟，賴貞有三子，其一就是前文提到過的大名鼎鼎的細川定禪，公賴也有三子，併為足利尊氏麾下大將，是為細川和氏、細川師氏和細川賴春——細川賴之是賴春之子。
高師直仗著幕府所擁有的強大兵力，根本就不把皇室放在眼中，傳說他曾經講過這樣的話：「在京都有叫做天皇的，擁有大量領地，還有叫做內里和院的御所，讓他下台比較困難。如果一定要有天皇的話，那麼可以用木來雕，用金來刻，而把真的院和天皇流放到任何地方去，免得礙事。」高師直的弟弟高師泰則指示部下說：「嫌恩賞數量太少嗎？身邊如有寺社和本所的領地，可以越境佔用嘛。」
足利尊氏能忍，他的弟弟足利直義可忍不了了，與高氏兄弟間的矛盾日益加深。直義跟隨尊氏起兵，論功勛不在高氏兄弟之下，論人望和名分更要遠高於高氏，所以尊氏對其頗為忌憚。可以這樣認為，雖然直義就立場來說是站在尊氏這一邊的，但出於政治利益考慮，尊氏想要除掉直義之心卻要強過想要制約高氏兄弟之心百倍。
天授四年（北朝永和四年，1378年），幕府將軍足利義滿在京都的室町地方修建了一所華麗的宅邸，因為院中遍植花卉，人稱「花之御所」——這就是足利幕府又被稱為室町幕府的緣由。
其實細川賴之的去職，並非僅僅因為斯波派的打擊，很大原因在於將軍足利義滿已經成年了。義滿亟待擺脫細川氏的陰影，樹立自己的權威，把幕政完全掌握在自己手中。執事斯波義將的能力和威望都不如細川賴之，從此義滿就可以敞開手腳，進行自己的政治改革了。
足利尊氏於五月二十九日殺進京城，六月五日，他派足利直義率大軍對叡山發動攻擊，建武功臣千種忠顯奮戰而死。二十日，一隊從宇治方向出現的官軍突然襲擊駐在東寺的足利尊氏本陣，正在圍攻叡山的部隊頓時陷入恐慌，在當日的大戰中被全面擊潰，狼狽退回京都。
【●明德之亂】
戰亂產生了大量失去土地和主家的武士，他們在日本再無立錐之地，遂淪為盜賊，甚至渡過蒼茫大海，前往朝鮮半島和中國大陸燒殺搶掠——這就是所謂「倭寇」的開端。正平二十二年（南朝貞治六年，1367年），高麗國王派遣使者來到京都，要求北朝和幕府恢復秩序，嚴禁倭寇。正平二十四年（南朝應安二年，1369年），剛剛建國的明太祖朱元璋派遣使臣七人來到九州，向南朝的征西將軍懷良親王遞上國書，國書內容主要是譴責倭寇，並希望通商友好。懷良親王殺死了使臣中的五人，扣留楊載、吳文華三個月後，才寫下一封言辭桀驁不訓的回書，交予兩人帶回。
忙於穩定畿內局勢的足利尊氏在得知新田義貞圖謀北陸的消息后，急命越后守斯波高經率軍包圍了金崎城。此時，脅屋義助剛離開杣山城，正在返回金崎途中，主從僅十六騎，當晚，他趁著夜色蒼茫，率領從騎繞著敵軍的陣地狂呼：「北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！」士氣並不高昂的斯波軍立刻慌亂得四散奔逃。於是義助兵不血刃地解了金崎之圍。
【●南北朝的開端】
一方面，足利義滿繼續打擊南朝的勢力，並最終完成了南北統一，另方面，他想盡辦法提高將軍家的威信的實力，壓制在長年混戰中日益龐大的地方勢力。可以說，如果沒有足利義滿執著不懈的努力，或許南北朝的亂世還將無休無止地延續下去，而足利將軍家將只是北朝諸侯們名義上的盟主，室町幕府根本就無法被稱為是一朝完整意義上的武士政權。
足利尊氏怎麼也沒料到竟會後院起火，馬上調遣高師直以下畿內所有部隊反撲男山城。高師直在攻打顯信堅守的男山城受挫后，改變戰術，除留下部分部隊圍城外，主力從各個方向朝一馬平川的四天王寺合圍過來。十五日，京方軍隊在四天王寺附近和北畠顯家的部隊遭遇，拉開了阿部野戰役的序幕。十六日晨，從兩翼進行包抄作戰的細川顯氏、高師
八月二十八日，新田義貞調動全部兵力組織了最後一次京都攻擊戰，又被高師直擊退。為了瓦解敵人，足利尊氏進呈了一份奏摺，宣稱這次戰爭完全是針對新田義貞的，只要后醍醐天皇下山並交出三種神器，幕府可以既往不咎，依然奉他為天皇。此時叡山上糧草將盡，士兵疲憊無助，后醍醐天皇萬般無奈之下，只得答應了尊氏的要求。
觀應之亂延續的時間並不算長，正平六年（北朝觀應二年，1351年）元月，直義派的桃井直常率北國兵馬南下，和足利直義兩面夾攻京都。足利尊氏和高氏兄弟被迫逃往丹波和播磨。尊氏一看情況不妙，於是以勒令高氏兄弟出家為條件，提出與直義和談。高師直和高師泰在被押往京都的途中，于攝津被上杉能憲所殺——能憲是上杉重能的養子，他可算是為父親報了血海深仇了。
然而，由於得不到關東地方豪族的支持，經過連番大戰，北畠顯家有限的兵力已經消耗殆盡，而足利尊氏則調遣高師泰、高師冬等部隊依託畿內，層層遞進地衝擊陸奧軍。在這種波浪式的消耗攻擊面前，北畠顯家終於抵擋不住了，只得繞過京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢復的陸奧軍再度攻擊京都，同聞訊而來的京方軍在奈良的般若坂發生戰鬥，結果北畠顯家戰敗，率領殘部遁入河內，義良親王則逃往吉野。
金崎包圍戰從一月一直打到三月，最終矢盡糧絕。新田義貞、脅屋義助等數人保護著東宮恆良親王乘小船逃走，結果恆良親王還是在途中被京方軍隊擒獲，押回京都處死，而義貞子義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人則留下堅守到了最後一刻，城破后紛紛自殺。義貞兄弟逃到杣山城，集結熱血武士三千餘人，屢次出擊，連敗京方軍，北陸戰事暫呈膠著狀態。
首先是元中七年（北朝明德元年，1390年）的「土岐氏之亂」。土岐氏出自源氏，一門總領土岐賴遠曾任美濃守護，因為衝撞了光嚴院的御車而被足利直義下令斬首。但是賴遠本人功勛卓著，因此在他被處刑后，諸將求情，幕府允許其侄賴康繼承家業。到了足利義滿時代，土岐賴康擁有美濃、尾張、伊勢三國守護職，聲威煊赫，這當然會引起義滿的警惕。
到了正平二十二年（北朝貞治六年，1367年）年底，足利義詮去世了，傳位給其子義滿，次年（1368年）十二月，足利義滿正式補任征夷大將軍。足利義滿時代，京方在軍事上又有了長足的進步，一度攻陷南朝的天野行宮，而南朝名將如宗良親王、北畠顯信等先後去世，楠木正儀降伏，已經日薄西山，再難復振了。
到了延元四年（北朝歷應二年，1339年）八月，后醍醐天皇身染重病，讓位給其子義良親王，然後沒過多久就咽了氣，享年五十二歲。所謂「后醍醐」之類，本是天皇的謚號，是要到死後才追尊的，然而後醍醐天皇卻在生前就為自己擬定了謚號，其意為追從醍醐天皇的功績，建立一個沒有幕府、院政、攝政關白的完全由天皇親政的時代——當然，歷史不會倒退，那是徹底的夢想。
可惜足利義滿並沒有胃口一舉將濃、尾、勢三國吞下，戰爭的結果，只是勒令土岐康行將美濃守護交給其叔父賴忠，把土岐氏一分為二，暫時遏止了其勢力的發展而已。
足利尊氏子義詮接任征夷大將軍，繼續展開對南朝的進攻。此後的戰爭，混亂得幾乎無法理清脈絡，更無法用語言來形容，反正南北雙方都是外戰和內亂不斷——既然連幕府將軍都一會北朝一會南朝，那麼地方武士朝秦暮楚、朝降暮叛，也都可以理解了。計南朝方先後叛變的主要將領有大內弘世、楠木正儀等等，幕府方先後叛變的主要將領有仁木義長、細川清氏等等。
第二年（1391年），擁有七國守護職，在四國和山陽道都舉足輕重的細川勢力捲土重來，斯波義將被迫辭去執事，讓給細川賴之的養子細川賴元。這是當年四月的事情，隨即十二月就爆發了「明德之亂」。
然而他才一下山，就被足利直義率領重兵以「護送」為名，押解到京都的花山院軟禁起來。跟隨出行的公卿大臣全部被捕，只有新田義貞等武士保護著東宮恆良親王與尊良親王渡過琵琶湖，逃往越前敦賀。
根據這一法令，各國守護得以加強對領內莊園的控制，能夠更有效地把莊園武士徵召從軍，同時更有效地把在鄉武士團結在自己身邊，軍事實力逐步增強。正是靠著這一點，京方軍隊才得以在義詮和義滿時代不斷取得輝煌戰果，最終把南朝逼得無路可走，只好乖乖交出神器，讓出政權。
連遭挫敗的北畠顯家始終沒有離開畿內。三月八日，身處敵軍重重圍困下、糧草斷絕的顯家對駐紮在攝津四天王寺的細川顯氏軍發起突擊，並憑著孤注一擲的精神奇迹般地在河內的石川河原打敗了顯氏部隊，顯家之弟顯信更趁機攻取了山城的男山城，直接威脅京都安全。
不過關於倭寇問題，日本內部還在打個不休，哪有閑功夫去處理？況且，倭寇的起因正是因為戰亂，戰亂不止，就算嚴剿倭寇，嚴禁船隻下海，也是無法徹底解決這一問題的。倭寇對高麗和明朝的沿海騷擾日益嚴重，朱元璋大怒，遂于明洪武十六年（1383年）斷絕了和日本的貿易關係。
足利直義重整旗鼓后，于正平六年（1351年）十一月殺回關東老家，奪取了鎌倉。足利尊氏與其子義詮匆忙調集大軍征討，于足柄山擊破直義軍，次年（1352年）元月收復了鎌倉，直義被擒。關於足利直義的下場，有兩種說法，一說是于本年二月被足利尊氏毒死，一說是次年（1353年）得急病而死。